골프장 취득 합의서에 따라 토지와 구별되게 별개의 목적물로 취득한 구축물 등을 토지에 부합된 물건으로 보아 과표에 포함할 수 있는지

【심급】

1심

【세목】

취득세

【주문】

1. 피고가 2012. 10. 11. 원고에 대하여 한 2010년 귀속 취득세 438,162,530원, 농어촌특별세 43,811,860원, 등록세 436,106,980원, 지방교육세 87,218,280원의 부과처분 중 취득세 14,780,620원 부분, 농어촌특별세 1,478,050원 부분, 등록세 12,716,660원 부분, 지방교육세 2,543,320원 부분을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/20은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2010. 1. 8. ◈◈시멘트주식회사(이하 ‘◈◈시멘트’라고 한다)로부터 충북 00군 00읍 00리 38-1 등 119필지 토지에 위치한 대중제 골프장인 오0000CC 골프장(이하 ‘이 사건 골프장’이라 한다)을 대금 600억 원에 양수하기로 하는 계약을 체결하고, 2010. 2. 26. ◈◈시멘트에게 잔금 540억 원을 지급하여 이 사건 골프장을 취득하였으며, 피고에게 아래 <표 1>의 기재와 같이 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세로 합계 1,703,459,350원을 신고·납부하였다.

나. 피고는 충청북도의 원고에 대한 세무조사 결과 원고가 아래 <표 2>의 기재와 같이 이 사건 골프장 취득과 관련된 간접비용과 이 사건 골프장의 구축물 및 코스 관련 토지 등에 대한 취득세 과세표준 15,138,894,050원 및 등록세 과세표준 15,067,585,785원에 대한 지방세 신고·납부를 누락한 것으로 보아, 2012. 10. 11. 원고에 대하여 취득세 438,162,530원, 농어촌특별세 43,811,860원, 등록세 436,106,980원, 지방교육세 87,218,280원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고는 2012. 10. 11. 조세심판원장에게 이 사건 처분에 대한 심판청구를 제기하였으나, 위 청구는 2013. 10. 23. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 2, 3호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고가 이 사건 골프장의 취득세 및 등록세 과세표준 누락액으로 본 부분 중, ① 이 사건 골프장에 관한 근저당권설정 수수료 등의 간접비용은 이 사건 골프장의 취득 및 등록과 직접 관련이 없으므로 취득세 및 등록세 과세대상에서 제외되어야 하고, ② 구축물 계정으로 분류된 이 사건 골프코스 관련 토지 부분(주차장, 카트 도로, 호수, 교량, 습지, 예지물창고진입로 등 9건, 이하 ‘이 사건 구축물’이라 한다)과 코스 계정으로 분류된 이 사건 골프장 코스로 조성된 토지 부분(이하 ‘이 사건 코스’라 한다)은 이 사건 골프장 토지에 부합된 것으로서 원고가 당초 신고한 취득세 및 등록세 중 토지 부분 과세표준액의 기준이 된 개별공시지가에 그 가치가 이미 반영되어 있으므로, 이 사건 구축물 및 코스 부분에 대한 신고가 누락되었다고 보아 취득세 및 등록세 등을 추가로 부과한 이 사건 처분은 사실상 이중과세로서 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 간접비용이 취득가격에 포함되는지 여부

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조 제5항 제3호는 사실상의 취득가격에 의하여 취득세의 과세표준을 산정하는 경우 중 하나로 ‘판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득’을 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2010. 4. 20. 대통령령 제22127호로 개정되기 전의 것) 제82조의2 제1항 본문은 ‘취득가격은 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하고 있고, 각 호에서 ’건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용‘ 등을 규정하고 있는바, 여기서 말하는 ‘취득가격’에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다고 할 것이다(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009두5343 판결 등 참조).

살피건대, 을 제4호증의1 내지 5의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 ◈◈시멘트에게 이 사건 골프장의 잔금을 지급하기로 한 날인 2010. 2. 26. 550억 원을 대출하여 이를 장기차입금 계정에 계상하였고, 2010. 2. 26. 소유권이전 및 신탁수수료, 근저당권 설정수수료, 소유권이전수수료 등 위 대출 및 소유권이전에 따른 부대비용을 지출하였으며 2010. 3. 2. 및 2012. 3. 22. 법률자문료, 컨설팅수수료 등을 지출한 점, 원고의 2010년도 계정별 원장에 의하면 위 각 부대비용이 토지, 건물, 영업권과 관련하여 지출된 것으로 기재되어 있는 점 등을 종합하면, 원고가 지출한 근저당권 설정수수료 및 컨설팅수수료 등 간접비용은 이 사건 골프장의 취득을 위하여 소요된 일체의 비용에 해당하여 취득가격에 포함된다고 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 구축물 및 코스 가액이 토지의 가액에 포함되어 있는지 여부

가) 인정사실

(1) ◈◈시멘트는 2005. 11. 1. 충청북도지사로부터 대중제 골프장업(9홀) 등록을 받아 이 사건 골프장 영업을 시작하였고, 2008년경 이 사건 골프장 면적을 18홀로 증축하기 위한 공사를 하여 2008. 10. 4. 충청북도지사로부터 대중제 골프장업(18홀) 등록을 받았다.

(2) 원고는 ◈◈시멘트로부터 이 사건 골프장을 양수하면서 아래와 같은 내용으로 이 사건 골프장 사업양수도계약을 체결하고 합의서를 작성하였다.

(3) 원고는 ◈◈시멘트로부터 이 사건 골프장을 양수한 다음 원고의 법인장부에 이 사건 골프장의 취득가액을 아래 <표 3>과 같이 계상하였다.

(3) 이 사건 골프장 토지의 2009. 1. 1.자 개별공시지가는 이 사건 골프장 조성공사 이전에 비해 평균 약 3배 내지 9배정도로 급격히 상승하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 5, 6호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

나) 판단

(1) 구「지방세법」제111조제5항 제3호가 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 삼게 한 취지는, 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있기 때문인바, 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합하지 않는다고 볼만한 특별한 사정이 없는 한 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준인 사실상의 취득가격으로 보아야 할 것이다(대법원 1993. 4. 27. 선고 92누15895 판결 참조).

(2) 이 사건에서 원고의 법인장부에 기재된 이 사건 골프장의 매매가액의 구체적인 내역이 사실상의 취득가격에 부합하지 아니한다고 볼만한 특별한 사정이 있는지 보건대, 앞서 인정한 사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고와 ◈◈시멘트는 이 사건 골프장의 매매대금을 총 600억 원으로 정하면서 토지, 건물 등 각 자산별 안분계산은 실사과정에서 합의하여 정하기로 하되 그 실사결과에 관계없이 전체 매매대금은 변경하지 아니하기로 합의하였고, 토지와 건물을 제외한 나머지 각 자산에 대하여는 ◈◈시멘트의 법인장부에 기재되어 있는 내용과 동일한 금액을 그대로 각 자산별 대금으로 정하였는바, 이 사건 골프장을 전체적으로 평가하여 매매대금 총액에 대하여만 합의하였을 뿐 이 사건 골프장의 각 자산별 대금까지는 구체적으로 합의하지 아니하였던 것으로 보이는 점, ② 이 사건 골프장 토지의 매매가격은 개별공시지가의 상승에 따라 ◈◈시멘트의 법인장부에 계상되어 있던 토지가액의 약 5배에 달하는 30,493,472,322원으로 산정되었는바, 이 사건 골프장 토지 매매가격의 산정근거가 된 개별공시지가에는 위 토지에 이 사건 구축물 및 코스가 설치되어 골프장 부지로 조성된 데 따른 토지가치의 상승분이 반영되어 있는 것으로 봄이 상당한 점, ③ ◈◈시멘트의 법인장부에 계상되어 있던 이 사건 골프장 토지의 가액은 위 토지에 이 사건 구축물 및 코스가 설치되어 골프장 부지로 조성되기 전의 가액이고, ◈◈시멘트의 법인장부에 구축물 및 코스 계정으로 계상되어 있던 가액은 이 사건 골프장 토지에 구축물 및 코스를 조성하는 데 소요된 비용으로 보이는 점, ④ 이 사건 골프장 토지의 매매가격이 이 사건 구축물 및 코스가 설치된 데 따른 토지가치의 상승분이 반영되어 산정된 것인 이상, 이 사건 골프장 토지에 부합된 이 사건 구축물 및 코스의 가치를 이 사건 골프장 토지의 가치와 별도로 평가하여 추가로 산정하는 것은 이 사건 구축물 및 코스의 가치를 이중으로 평가하는 것임에도, ◈◈시멘트의 법인장부에 계상되어 있던 구축물 및 코스의 가액 전액이 이 사건 구축물 및 코스의 가액으로 별도로 평가되어 이 사건 골프장 매매대금의 세부내역으로 산정된 점, ⑤ 원고는 위와 같이 산정된 이 사건 골프장 매매대금의 세부내역을 그대로 원고 법인장부에 계상한 점 등을 종합하면, 원고의 법인장부에 기재된 구축물 및 코스에 대한 가액 부분은 이 사건 골프장 토지의 가액에 포함된 이 사건 구축물 및 이 사건 코스에 대한 가액까지 이중으로 계상된 것으로서 그 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합하지 아니한다고 볼만한 특별한 사정이 있다고 할 것이다.

(3) 따라서 피고가 이 사건 구축물 및 이 사건 코스에 대한 가액이 이중으로 계상된 원고의 법인장부에 근거하여 이 사건 처분을 한 것은 이중과세에 해당하여 위법하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3) 정당한 세액의 계산

가) 피고가 원고에 대하여 이 사건 골프장의 구축물 및 코스 관련 부분과 이 사건 골프장에 관한 근저당권설정 수수료 등 간접비용 관련 부분에 대한 취득세 및 등록세 등의 신고·납부가 누락되었다는 이유로 한 이 사건 처분 중 이 사건 구축물 및 이 사건 코스 관련 부분은 이중과세에 해당하여 위법하므로 제외하고, 이 사건 골프장에 관한 근저당권설정 수수료 등 간접비용 관련 부분에 대한 취득세 및 등록세 등의 세액을 계산하면 아래 <표 4> 기재와 같다.

나) 따라서 이 사건 처분 중 위 <표 4> 기재 취득세 및 등록세 등 부분을 초과하는 부분은 위법하므로, 각 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

【관계법령 】

■ 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제105조(납세의무자등)

① 취득세는 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 및 종합체육시설이용회원권은 골프장·승마장·콘도미니엄 및 종합체육시설 소재지의 도를 말한다)에서 그 취득자에게 부과한다.

제111조(과세표준)

① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및「소득세법」 제101조제1항 또는「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

제112조(세율)

① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.

제121조(부족세액의 추징 및 가산세)

① 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제120조의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제120조의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율(이하 "가산율"이라 한다)과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

제124조(납세의무자)

등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다.

제130조(과세표준)

① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.

제131조(부동산등기의 세율)

① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(2) 기타

부동산가액의 1,000분의 20

제150조의2(신고 및 납부)

① 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다.

제151조(부족세액의 추징 및 가산세)

등록세 납세의무자가 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제150조의2제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조제1항제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

제260조의2(납세의무자)

지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세 균등분, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 {국가, 지방자치단체 및 「초·중등교육법」에 따라 학교를 경영하는 학교법인(목적사업에 직접 사용하는 자동차에 한정한다)을 제외한다} 및 담배소비세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다.

제260조의3(과세표준과 세율)

① 지방교육세는 다음 각 호의 1의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

구분 : 1

과세표준 : 이 법에 의하여 납부하여야 할 등록세액

표준세율 : 100분의 20

■ 지방세법 시행령(2010. 4. 20. 대통령령 제22127호로 개정되기 전의 것)

제82조의2(취득가격의 범위)

① 법 제111조제5항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격은 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지불하여 일정액을 할인받은 때에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연불조건부 계약에 따른 이자상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.

3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5. 취득대금 외에 당사자 약정에 의한 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 제1호부터 제5호까지의 비용에 준하는 비용

■ 농어촌특별세법(2010. 12. 30. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제3조(납세의무자)

다음 각 호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

5. 지방세법에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자

제5조(과세표준과 세율)

① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

호별 : 6

과세표준 : 지방세법에 의하여 납부하여야 할 취득세액

세율 : 100분의 10