법인지방소득세경정거부처분취소

【원 고】 주식회사 엔엑스씨 (소송대리인 법무법인 호연 담당변호사 이명)

【피 고】 제주시장 (소송대리인 법무법인 어울림 담당변호사 안혜림)

【변론종결】2019. 5. 1.

【주 문】

1. 피고가 2016. 10. 24. 원고에 대하여 한 2014 사업연도 법인지방소득세 175,069,090원, 2015 사업연도 법인지방소득세 225,590,720원의 각 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【청구취지】 주문과 같다.

【이 유】 1. 처분의 경위

가. 원고는 1989. 12. 29. 설립되어 국내외 자회사 지배 및 부동산 임대업 등을 주요 사업으로 하는 법인이다.

나. 원고는 2014 사업연도 법인세를 신고하며 과세표준을 313,730,296,360원으로 신고하였는데, 원고는 직접외국납부세액 1,030,233,286원과 간접외국납부세액 6,927,452,939원을 합한 7,957,686,225원(이하 ‘이 사건 2014 외국납부세액’이라 한다)에 관하여 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조 제1항 제1호에 따른 세액공제방법과 제2호에 따른 손금산입방법 중 세액공제방법을 선택하여 구 법인세법 제15조 제2항 제2호, 제21조 제1호에 따라 직접외국납부세액을 손금불산입하고, 간접외국납부세액을 익금산입하여 과세표준을 산정한 후, 이 사건 2014 외국납부세액에 대한 세액공제를 받았다.

다. 원고는 2015 사업연도 법인세를 신고하며 과세표준을 240,041,027,390원으로 신고하였는데, 원고는 직접외국납부세액 859,274,765원과 간접외국납부세액 9,394,848,555원을 합한 10,254,123,320원(이하 ‘이 사건 2015 외국납부세액’이라 하고, 이 사건 2014 외국납부세액과 이 사건 2015 외국납부세액을 합하여 ‘이 사건 외국납부세액’이라 한다)에 관하여도 구 법인세법 제57조 제1항 제1호에 따른 세액공제방법을 선택하여 구 법인세법 제15조 제2항 제2호, 제21조 제1호에 따라 직접외국납부세액을 손금불산입하고, 간접외국납부세액을 익금산입하여 과세표준을 산정한 후, 이 사건 2015 외국납부세액에 대한 세액공제를 받았다.

라. 원고는 피고에게, ① 2015. 4. 30. 2014 사업연도 법인지방소득세 6,860,066,510원, ② 2016. 4. 30.경 2015 사업연도 법인지방소득세 5,238,902,600원을 신고·납부하면서 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제103조의19에 따른 과세표준을 산정하며 법인세 신고와 마찬가지로 이 사건 외국납부세액 중 직접외국납부세액(이하 ‘이 사건 직접외국납부세액’이라 한다)을 손금불산입하고, 이 사건 외국납부세액 중 외국자회사로부터 받은 이익배당금에 대응하는 법인세액에 해당하는 간접외국납부세액(이하 ‘이 사건 간접외국납부세액’이라 한다)을 익금산입하였다.

마. 원고는 2016. 10. 10. 피고에 대하여 이 사건 직접외국납부세액을 손금에 산입하고, 이 사건 간접외국납부세액을 익금에 불산입하는 것으로 법인지방소득세 과세표준을 재산정하여 아래 표 기재와 같은 돈의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2016. 10. 24. 원고의 위 경정청구를 모두 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

?? 2014년도 (단위: 원) 2015년도 (단위: 원)당초신고과세표준313,730,296,360240,041,027,390세액6,860,066,5105,238,902,600경정청구과세표준305,772,610,135229,786,904,070세액6,684,997,4205,013,311,880차액과세표준7,957,686,22510,254,123,320세액175,069,090225,590,720

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2018. 1. 18. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~3호증, 제7~10호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

1) 법인지방소득세 과세표준의 해석 관련(주위적 주장)

지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되면서 종전에 소득세나 법인세의 부가세 형태로 부과·징수하고 있었던 지방소득세가 독립세 방식으로 전환되었는데, 법인지방소득세의 경우 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액인바, 그 의미는 법인세법상의 과세표준을 그대로 적용하라는 것이 아니라 그 산정방식을 준용한다는 것으로 해석하여야 한다. 즉 법인세 과세표준의 신고에 있어서 이 사건 직접외국납부세액이나 이 사건 간접외국납부세액을 외국에 납부하였음에도 불구하고 손금으로 불산입하거나 익금에 산입한 것은 이후 위 금액이 세액으로 공제되는 것이 전제된 것이나, 지방세법이나 지방세특례제한법은 법인세법과 같은 세액공제규정을 두고 있지 않으므로, 법인세법상의 산정방식을 준용하여 이 사건 직접납부외국세액을 손금에 산입하고, 이 사건 간접납부외국세액을 익금에 불산입하여 법인지방소득세가 산정되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다.

2) 조세조약에 따른 외국납부세액 공제 관련(예비적 주장)

설령 법인지방소득세의 과세표준과 법인세 과세표준을 동일하게 보아야 한다고 하더라도, 조세조약은 국내법의 특별법으로 국내법보다 우선하여 적용되어야 하고, 대한민국과 일본국 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약 제23조 제1항에 따라 일본 내의 원천으로부터 발생하는 소득에 대하여 조세를 납부할 경우 세액공제가 허용되는바, 위와 같은 조약의 취지에 따라 법인지방소득세의 산정단계에서 외국납부세액을 공제하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 과세표준 산정에서 외국납부세액에 관한 법인세법 규정 등

구 법인세법 제57조 제1항, 제4항에 의하면 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액이나 외국자회사로부터 받는 이익의 배당이나 잉여금의 분배액(이하 ‘수입배당금액’이라 한다)이 포함되어 있는 경우에 있어서는, 위 외국법인세액(이하 ‘직접납부외국세액’이라 한다)이나 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 ‘간접납부외국세액’이라 한다)은 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법(구 법인세법 제57조 제1항 제1호) 또는 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법(구 법인세법 제57조 제1항 제2호) 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다. 한편 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제3항에 의하면, 구 법인세법 제57조 제1항에 따른 외국납부세액은 국외원천소득이 과세표준에 산입되어 있는 사업연도의 산출세액에서 공제하거나 필요경비에 산입하고, 제94조 제8항에 의하면, 구 법인세법 제57조 제4항의 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 계산식은 ‘외국자회사의 해당 사업연도의 법인세액 × 수입배당금액 ÷ (외국자회사의 해당사업연도 소득금액 - 외국자회사의 해당사업연도 법인세액)’이다.

그리고 구 법인세법 제13조에 따른 과세표준의 기준이 되는 내국법인의 사업연도 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액인바(구 법인세법 제14조 제1항), 구 법인세법 제57조 제1항에 따른 직접납부외국세액은 손금으로 산입되지 않고(구 법인세법 제21조 제1호), 구 법인세법 제57조 제4항에 따라 세액공제된 외국법인세액에 상당하는 금액은 익금으로 본다(구 법인세법 제15조 제2항 제2호).

한편 구 지방세법 제103조의19는 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다.

2) 주위적 주장에 관한 판단

위 관계 법령의 규정과 위 인정 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 법인지방소득세 과세표준에 이 사건 직접외국납부세액은 손금으로 산입하고, 이 사건 간접외국납부세액은 익금으로 불산입되는 것으로 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다. 원고의 주위적 주장은 이유 있다.

가) 내국법인의 외국납부세액공제의 취지 및 방법

내국법인은 전세계소득에 관하여 납세의무를 지는데(구 법인세법 제2조), 내국법인의 국외원천소득의 경우에 있어서는 원천지국에 세금을 납부하는 이외에 우리나라에 세금을 납부하여야 하므로 이중과세 등의 문제가 발생한다. 이러한 불합리를 시정하기 위하여 구 법인세법 제57조 제1항은 내국법인의 국외원천소득에 부과된 직접외국납부세액에 대하여 국외원천소득을 과세표준에 산입한 후 해당 사업연도의 법인세액에서 외국법인세액을 공제하거나(제1호), 외국법인세액을 해당 사업연도의 손금에 산입하여 과세표준을 산출하는 방법(제2호)으로 공제를 허용하고 있다. 이와 더불어 내국법인이 외국자회사를 통하여 투자를 한 후 수입배당금액을 받는 경우에 있어서 수입배당금액에 대응하는 외국법인세액(간접외국납부세액)도 내국법인이 직접 부담한 외국납부세액과 실질에 있어서 차이가 없으므로 위와 같은 방법으로 공제를 허용하고 있다(구 법인세법 제57조 제4항). 위와 같이 외국법인세액을 법인세액에서 공제할 수 있도록 하는 구 법인세법 제57조 제1항, 제4항은 동일한 소득에 대한 국가 간의 중복과세를 방지하여 내국법인의 조세부담을 감경하려는 데에 그 취지가 있다(대법원 1987. 2. 24. 선고 85누651 판결 등 참조).

한편 법인세의 기초가 되는 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로(구 법인세법 제14조), 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 법인세법에서 규정하고 있는 것을 제외하고, 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액이며(구 법인세법 제15조 제1항), 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 법인세법에서 규정한 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액이다(구 법인세법 제19조 제1항). 그런데 내국법인의 직접외국납부세액은 손금에 산입되지 않고(구 법인세법 제21조 제1호, 제57조 제1항 제1호), 다만 내국법인이 세액공제방법을 선택한 경우 위 직접외국납부세액은 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도로 해당 사업연도의 법인세액에서 공제되며(구 법인세법 제57조 제1항 제1호), 손금산입방법을 선택한 경우 위 금액은 필요경비에 산입되어 과세표준을 구성하지 않게 된다(구 법인세법 제57조 제1항 제2호). 한편 간접외국납부세액은 원칙적으로는 익금에 산입되지 않아야 하나 세액공제방법을 선택한 경우 간접외국납부세액을 익금에 산입한 다음(구 법인세법 제15조 제2항 제2호), 산출된 법인세액에서 공제된다(구 법인세법 제57조 제1항 제1호, 제4항).

나) 이 사건 직접외국납부세액에 관한 판단

우선 이 사건 직접외국납부세액에 관하여 보면, 원고는 법인세를 신고·납부함에 있어 이 사건 직접외국납부세액에 대한 세액공제방법을 선택하였고, 이후 지방소득세를 신고·납부함에 있어서 위 금액이 법인지방소득세의 과세표준 중 손금에 불산입되었다. 그런데 구 법인세법 제21조 제1호가 제57조에 따른 직접외국납부세액을 손금에 산입하지 않는 취지는 앞서 본 바와 같이 직접외국납부세액을 법인세액에서 공제하거나 필요경비에 산입하기 때문이다. 그렇다면 원고가 법인세의 신고·납부에 있어서 세액공제방법을 선택한 이 사건 사안에 있어서는, 법인지방소득세에 있어 외국법인세액의 세액공제를 허용하거나 손금에 산입한다는 규정이 없으므로 이를 손금에 산입하지 않는 경우 구 법인세법 제57조 제1항의 규정 취지에 반하여 내국법인의 조세부담을 가중시키는 결과를 초래하게 된다. 나아가 직접외국납부세액이 과세표준 중 손금에 불산입된 것은 세액공제를 전제한 것인바, 이를 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액이라고도 볼 수 없어 이에 대한 과세가 이루어진다면 이는 응능부담의 원칙에도 반하게 된다. 아울러, 원고는 법인세 과세표준을 신고할 때에는 이 사건 직접외국납부세액을 법인세액에서 공제받을지 손금에 산입할지 선택할 수 있었으나, 법인지방소득세의 과세표준을 신고할 때에는 위와 같은 선택 권한이 없었을 뿐 아니라, 법인세 과세표준 신고 당시 법인지방소득세에서 이 사건 직접외국납부세액이 세액공제 없이 익금에 포함된다는 것까지 가정하여 전체적인 과세표준을 산정하였어야 한다고 볼 합리적인 이유도 없는바, 이 사건 직접외국납부세액을 손금으로 산입하여 법인지방소득세의 과세표준을 산정하는 것이 타당하다고 할 것이다.

다) 이 사건 간접외국납부세액에 관한 판단

다음으로 이 사건 간접외국납부세액에 관하여 보면, 원고는 법인세 신고·납부에 있어 세액공제방법을 선택하였고, 이후 법인지방소득세를 신고·납부함에 있어서 위 금액이 법인지방소득세의 과세표준 중 익금에 산입되었다. 그런데 앞서 본 바와 같은 사정에다가 구 법인세법 제15조 제2항 제2호는 ‘제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)을 익금으로 산입한다’고 규정하고 있는바, 이는 국가 간의 중복과세를 방지하고 내국법인의 조세부담을 감경하기 위하여 구 법인세법 제57조 제4항에 따라 세액공제되는 외국법인세액을 일단 내국법인의 소득으로 익금산입한 후 외국세액 납부에 따른 세액공제의 수순을 밟도록 한 것이므로, 구 법인세법 제57조 제4항에 따른 간접외국납부세액을 익금으로 보는 데에는 이에 대한 세액공제가 뒤따른다는 점이 당연히 전제되어 있다. 그러므로 내국법인이 이 사건 간접외국납부세액에 관하여 세액공제방법을 선택하였으나 외국법인세액의 공제규정 등이 없는 이상 이를 익금에 포함시킬 수 없다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 간접외국납부세액을 익금으로 불산입하여 법인지방소득세의 과세표준을 산정하는 것이 타당하다고 할 것이다.

라) 피고의 주장에 관한 판단

피고는 구 지방세법 제103조의19의 “법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로 한다.”라는 의미는 구 법인세법 제13조에 따른 과세표준과 법인지방소득세의 과세표준이 동일하다는 의미로 해석해야 한다고 주장한다. 그러나 아래와 같은 이유로 구 지방세법 제103조의19의 위 문언은 그 과세표준 계산방법을 법인세법에 따르라는 뜻이라고 해석하는 것이 타당하다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.

① 법해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 한다. 그리고 그 과정에서 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하여야 하고(대법원 2010. 12. 23. 선고 2010다81254 판결 참조), 특히 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석해야 한다(대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결 등 참조).

② 그런데 구 법인세법 제13조는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.”라고 규정하면서, 소득의 범위에서 공제할 금액을 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액으로 구체화하고 있을 뿐, ‘각 사업연도의 소득’이 무엇인지에 대해 규정하고 있지 않아 위 제13조만으로는 과세표준을 확정적이고 구체적으로 계산할 수 없다. 구 법인세법 제13조는 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 부분의 ‘제1절 과세표준과 그 계산’에 관한 ‘제1관 통칙’ 규정으로서 그 계산을 위해서는 같은 절에 속해 있는 각 사업연도의 소득(제14조), ‘제2관’에서 규정한 익금의 범위 및 계산방법, ‘제3관’에서 정하는 손금의 범위 및 계산방법 등 구체적인 과세표준 산정을 위한 정의 규정, 범위에 관한 규정 등의 취지에 따를 수밖에 없다. 즉 구 지방세법 제103조의19의 문언에 따르면 ‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’이란 법인지방소득세의 과세표준 계산방법을 법인세법 제13조에 따르라는 것이고, 그와 달리 ‘법인세법 제13조에 따라 신고하거나 결정·경정된 법인세 과세표준’이라고 보기는 어렵다.

이와 같이 법인세의 과세표준을 확정하기 위해서는 과세표준에 관한 통칙인 구 법인세법 제13조만이 아니라 익금 또는 손금의 계산방법 등에 관하여 규정한 취지도 따라야 할 것인데, 특히 세액이 공제된 경우에만 익금에 산입하도록 한 법인세법 제15조 제2항 제2호의 취지에 비추어 보면, 세액이 공제되지 않은 경우에도 법인지방소득세의 과세표준을 산정함에 있어 익금에 산입한다면 이는 실제 소득이 아닌 것에 과세하는 결과가 되어 부당하다.

③ 피고는 법인지방소득세의 과세표준과 법인세의 과세표준을 일치시키는 것이 입법자의 결단이라고 주장하나, 피고가 그 논거로 들고 있는 을 제5호증(검토보고서)의 기재를 보더라도 “법인지방소득세 과세표준은 ‘법인세법’과 동일 또는 공유”(9면, 17면, 23면)한다고 기재하는 한편 “지방소득세에 대한 독자적인 과세표준”(22면)을 갖게 된다고 기재한 점이나, “개정안(지방세법 제103조의19)에 따르면 지방소득세는 소득세법 및 법인세법상 과세표준을 공유”하게 되는데, “이러한 과세표준을 도출하는 과정에서 반영되는 근로소득공제, 종합소득공제, 손금 및 익금의 산입·불산입 등은 소득세법 및 법인세법과 같은 국세 관련법의 개정을 통해 변경될 수 있는 것들이며, 이에 따라 지방소득세의 과세표준이 영향을 받을 수 있으므로 지방소득세가 국세에서 완전히 독립되었다고 보기는 어려운 측면이 있음”이라고 기재하고 있는 점 등에 비추어보면, 법인지방소득세의 과세표준을 언제나 ‘법인세의 과세표준’ 그대로 사용하는 것이 아니고 ‘법인세법’에 따라 계산한 독자적인 과세표준을 갖게 되는 것으로 해석함이 상당하다.

④ 또한 피고는 법인세 단계에서 외국납부세액에 대한 국제적 이중과세는 완전히 조정된다고도 주장한다. 그런데 원천지국의 법인세율이 우리나라의 법인세율보다 높은 경우 법인지방소득세에 있어서 이중과세의 문제가 존재하게 되고, 외국납부세액에 대한 공제는 앞서 본 바와 같이 이중과세를 조정하기 위한 것으로서 직접외국납부세액을 손금에 불산입하거나 간접외국납부세액을 익금에 산입하여 과세표준을 산정하는 것으로서 이중과세가 조정되는 것이 아니고 그 이후 세액공제를 통해 이중과세가 조정되는 것이므로, 세액공제가 없는 법인지방소득세에서는 법인세 과세표준을 그대로 사용하기 어렵다. 즉 지방소득세의 과세표준을 계산함에 있어 세액공제가 없는 경우에도 외국납부세액을 손금에 불산입하거나 익금에 산입하는 것은 외국납부세액에 대한 공제를 허용하는 구 법인세법 제57조의 취지에 반한다.

⑤ 직접외국납부세액은 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입, 즉 익금이라고 볼 수 없는 것이 명백하고, 구 법인세법 제21조 제1호의 손금불산입 대상으로 법인세법 제57조에 따른 외국법인세액을 포함한다는 의미 역시 세액공제나 적어도 손금산입을 전제로 하는 것이다.

⑥ 구 법인세법 제15조 제2항 제2호는 ‘제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액’만, 즉 세액공제방법을 선택한 경우에만 익금에 산입하도록 명시하고 있다. 즉 세액이 공제되지 아니한 경우에는 위 의제익금규정이 적용될 여지가 없다고 할 것이므로, 법인지방소득세에 관하여 공제규정이 없는 이상, 의제익금규정 역시 적용되지 않아야 하고, 따라서 법인지방소득세 과세표준에는 익금으로 산입되지 않아야 한다.

⑦ 피고는, 구 지방세법에서는 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 하고, 지방세특례제한법은 법인지방소득세의 세액공제·감면을 배제하여 실질적으로 조세를 증가시키기 위해 세액공제 및 감면에 관한 사항을 규정하지 않았다고 주장한다. 그러나 외국납부세액에 대한 세액공제는 동일한 소득에 대한 국제적 이중과세 등 불합리를 시정하기 위해 이루어지는 것으로서, 그 목적이 국내기업의 이중과세를 방지하여 기업의 대외진출을 촉진하고 조세부담면에서 기업의 국내투자와 해외투자 간에 중립성을 보장하는 것이므로, 재해손실세액공제(구 법인세법 제58조)나 투자세액공제(조세특례제한법 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2, 제25조의3, 제25조의4, 제26조, 제29조의3, 제29조의4, 제94조 등) 등 정책적으로 이루어지는 개별사유로 인한 세액공제와 같이 보기는 어려운 면이 있다.

3) 소결

따라서 이 사건 외국납부세액이 법인지방소득세의 과세표준에 산입됨을 전제로 한 이 사건 처분은 원고의 예비적 주장에 대하여 더 나아가 살필 필요 없이 위법하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있어 모두 인용한다.

[[별 지] 관계 법령: 생략]

판사 강재원(재판장) 정승진 이선호