양도소득세부과처분취소

【원 고】 원고 1 외 3인 (원고들 소송대리인 변호사 백제흠 외 2인)

【피 고】 강남세무서장 외 1인 (피고들 소송대리인 법무법인 엘케이비앤파트너스, 담당변호사 문준필 외 1인)

【변론종결】2020. 5. 7.

【주 문】

1. 피고들이 2017. 5. 12. 원고들에 대하여 한 [별지 1] 목록 ‘고지세액’란 기재 각 2009년 귀속 양도소득세(가산세 포함) 부과처분 중 위 목록 ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고들의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/3은 원고들이, 나머지 2/3는 피고들이 각 부담한다.

【청 구 취 지】피고들이 2017. 5. 12. 원고들에 대하여 한 [별지 1] 목록 ‘고지세액’란 기재 각 2009년귀속 양도소득세(가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.

【이 유】 1. 처분의 경위

가. 원고들은 한국거래소(코스닥) 상장법인인 주식회사 ○○(이하 ‘소외 1 회사’라 한다)의 주주인 소외 3, 소외 4 및 소외 5(이하 ‘소외 3 일가’라 한다)과 사이에 원고들이 소외 1 회사의 의류 사업부문을 인수하고, 소외 3 일가는 나머지 부동산임대 사업부분만을 소유ㆍ경영하는 것으로 합의하였고, 이에 원고들을 대표한 원고 4와 소외 3 일가 사이에 2008. 7. 2. 소외 1 회사의 인수 및 분할의 구체적인 방법에 관하여 합의한 내용을 담은 ‘유상증자 및 경영권 양수도 계약서’(갑 제1호증) 및 ‘부속합의서’(갑 제2호증)가 작성되었다(이하 ‘이 사건 양수도계약’이라 한다).

나. 원고들은 이 사건 양수도계약에 따라 소외 1 회사가 실시한 제3자 배정방식의 유상증자에 참여하여 2008. 7. 7. 총 13,999,994,820원을 납입함으로써 2008. 7. 8. 소외 1 회사의 보통주 합계 1,587,301주(원고 4 113,379주, 원고 3 453,514주, 원고 2 453,514주, 원고 1 566,894주)를 1주당 8,820원에 인수하였다.

다. 소외 1 회사는 2008. 10. 6. 분할존속법인을 상장법인인 주식회사 △△(이하 ‘소외 6 회사’라 한다) 로, 분할신설법인을 비상장법인인 주식회사 ○○피앤디(이하 ‘소외 2 회사’라 한다)로 하는 인적분할을 시행하였다.

라. 원고들 및 소외 3 일가는 2008. 12. 23. 주식양도계약서(갑 제5호증)를 작성하면서 원고들 중 원고 1이 소유한 소외 2 회사 주식 326,835주 중 277,239주(이하 ‘이 사건 1차주식’이라 한다)와 소외 3이 소유한 소외 6 회사 주식 165,823주 중 139,082주(이하 ‘이 사건 교환대상 주식’이라 한다)를 교환하였다(이하 ‘이 사건 1차거래’라 한다).

마. 이후 소외 2 회사는 2009. 2. 23. 유상감자를 실시하여 원고 2, 원고 3의 소외 2 회사 주식 각 72,446주를 소각하였고, 2009. 5. 11. 액면금액 5,000원의 보통주식을 액면금액 500원으로 분할하였으며, 2009. 5. 20. 유상감자를 실시하여 원고 4의 소외 2 회사 주식 236,620주(분할전 23,662주)를 소각하였다.

바. 원고들은 2009. 6. 23. 소외 3에게 이 사건 양수도계약 및 2009. 2. 5.자 확약서(갑 제7호증)에 따라 원고들의 소외 2 회사 주식 총 4,693,430주(원고 4 417,050주, 원고 1 495,960주, 원고 2, 원고 3 각 1,890,210주, 이하 통틀어 ‘이 사건 2차주식’이라 한다)에 관한 무상증여계약서(갑 제23호증, 이하 ‘이 사건 증여계약서’라 한다)를 작성하고 위 주식을 소외 3에게 모두 이전하였다(이하 ‘이 사건 2차거래’라 한다).

사. 서울지방국세청장은 2016. 10.경부터 강남세무서에 대한 업무감사를 하면서, 피고 강남세무서장에게 원고들과 소외 3 간의 이 사건 2차거래의 실질은 ‘증여’가 아닌 ‘양도’에 해당하며 그 양도대가는 이미 수령한 것으로 전제하여 처분할 것을 요구하였고, 이에 피고들은 2017. 5. 12. 원고들에게 [별지 1] 목록 ‘과세내역’란 기재와 같이 2009 과세연도 귀속 양도소득세(가산세 포함) 부과처분(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

아. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 2017. 8. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 8. 2. 원고들의 위 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 7, 8 내지 12, 23호증, 을 제1, 2호증의 각 기재(각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들 주장의 요지

1) 원고들

가) 이 사건 2차거래의 실질에 대한 판단의 위법(이하 ‘쟁점① 주장’이라 한다)

이 사건 2차거래는 당사자간 의사의 합치에 따라 처분문서인 이 사건 증여계약서로서 입증된 거래인바, 조세회피의 목적이 있다거나 가장거래로 볼 수 없어 실질과세원칙에 따라 그 법률적 형식을 부인할 수 없으므로, 이 사건 1차거래와 무관한 별도의 거래로서 온전히 증여로서 인정되어야 한다.

나) 부과제척기간 도과의 위법(이하 ‘쟁점② 주장’이라 한다)

설령 이 사건 2차거래가 세법상 양도로 평가되더라도 이 사건 2차거래를 교환거래로 보는 이상, 이 사건 2차주식의 양도시기는 원고들이 소외 3으로부터 교환대가를 수령한 2008. 12. 23. 이전이다. 피고들의 주장처럼 이 사건 1차거래 당시에 이미 이 사건 2차주식의 이전이 결정되어 있었다면, 그 잔금청산일도 이 사건 1차거래일로 봄이 명확하고, 그 후 차액정산은 전혀 없었던 것으로 보아야 과세논리에 모순이 없으며, 이와 달리 이 사건 2차거래일인 2009. 6. 23.을 이 사건 1차주식과 이 사건 2차주식 모두(이하 ‘이 사건 각 주식’이라 한다)의 양도시기로 보는 것은 이미 이 사건 1차거래 당시에 당사자간 주식 교환이 성립되어 있었다는 피고들의 쟁점① 관련 주장과 모순되는 것이다. 실제 소외 3도 2008. 12. 23.을 주식 교환일로 보아 양도소득세 수정신고를 하였고 그에 따른 과세관청의 추가과세가 지금까지도 없었는바, 피고들의 이 사건 부과처분은 7년의 부과제척기간을 도과한 것으로서 취소되어야 한다.

다) 이 사건 1차주식에 관한 부과제척기간 도과의 위법(이하 ‘쟁점③ 주장’이라 한다)

원고 1은 2009. 5. 29.경까지 이미 이 사건 1차주식에 대한 양도소득세 신고를 모두 완료하였다. 따라서 적어도 이 사건 처분 중 이 사건 1차주식의 양도로 인한 과세표준과 세액에 대하여는 7년의 부과제척기간을 도과하여 위법하다. 그럼에도 불구하고 원고 1의 신고를 무효로 보고 아예 새로운 신고의무를 부여하는 의미로서 이 사건 2차거래 시점에 다시 이 사건 1차주식에 대해서까지 신고하지 않았다는 이유로 거래 전체를 무신고로 보아 7년의 부과제척기간을 적용함은 위법하고, 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 1차주식의 양도차익을 과세가액에 합산하여 산정한 부분은 위법하다.

라) 이 사건 2차주식의 양도가액 산정의 위법(이하 ‘쟁점④ 주장’이라 한다)

이 사건 2차주식의 양도가액은 구 소득세법(2009. 6. 9. 법률 제9774호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제114조 제1항, 제4항, 제7항, 구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제176조의 제1항 제1호, 제3항 각 호에 따라 ① 매매사례가액, ② 감정가액, ③ 환산가액, ④ 기준시가의 순서로 적용되는데 이 사건 2차주식의 경우 위 매매사례가액, 감정가액, 환산가액이 존재하지 아니하므로 기준시가가 적용되어야 하고, 이럴 경우 기준시가의 산정은 구 소득세법 제99조 제1항 제5호, 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 나목에 따라 ‘직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액(토지의 경우는 공시지가)’을 기준으로 평가하여야 한다. 그럼에도 이 사건 처분은 전부 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다)상 평가액으로 평가하였을 뿐만 아니라, 발행주식총수도 양도일을 기준으로 평가함으로써 이 사건 2차주식의 양도가액을 높게 산정한 위법이 있다.

2) 피고들

가) 쟁점① 주장 관련

이 사건 2차거래는 경영권의 양수도, 즉 ‘양도’에 따라 이루어진 것으로, 이 사건 1차거래와 함께 모두 이 사건 양수도계약에 근거하여 단지 이행방법만이 여러 단계로 정해진 것에 불과한바, 그 실질은 세법상 ‘양도’에 해당한다. 이 사건 2차거래는 원고들이 이 사건 1차거래 당시 소외 3 일가로부터 모든 대가를 수령하고도 이 사건 2차주식에 대한 이전을 거부하다가 형식적으로 이 사건 증여계약서를 작성하고서 비로소 명의를 이전하여 준 것에 불과하다. 또한 납세자에게 조세회피의 목적이 있었는지 여부는 실질과세원칙의 적용 요건이 아니고, 설령 그렇지 아니하더라도 원고들의 입장에서는 이 사건 2차거래를 증여로 주장하게 되면, 양도소득세를 면함과 동시에 그에 상응하는 증여세 부담을 소외 3 일가에게 떠넘기게 되는바, 원고들의 조세회피의사를 넉넉히 인정할 수 있다.

나) 쟁점② 주장 관련

이 사건 2차거래의 대금청산일은 이 사건 양수도계약에 따른 정산이 완료되어 이 사건 2차거래가 이루어진 2009. 6. 23.로 보아야 한다. 또한 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목 및 구 소득세법 시행령 제158조 제1항은 부동산 과다 보유 법인의 특정 주식을 기타자산으로서 양도일로부터 소급하여 3년 내에 합산하도록 정하면서 구 소득세법 시행령 제162조 제4항에서 그 양도시기를 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 50 이상이 양도되는 날로 규정하고 있는바, 이에 해당하는 소외 2 회사의 주식이 2차례에 걸쳐 분할 이전된 이 사건에서는 해당 양도 대상 주식의 50% 이상이 이전된 2009. 6. 23.을 그 양도시기로 보아야 한다.

다) 쟁점③ 주장 관련

이 사건에서 소외 3 일가와의 차액의 정산이 2009. 6. 23. 종료하는 이상, 위 소득세법령에 따라 이 사건 각 주식의 양도시기는 모두 2009. 6. 23.이고, 해당 양도차익은 2009년에 귀속되는바, 원고 1의 기존 신고는 전혀 다른 사업연도 소득을 신고한 것으로서 적법한 신고ㆍ납부가 존재한다고 볼 수 없다. 따라서 원고 1이 2009년 귀속분에 대하여 양도소득세 확정신고를 하지 아니한 이상, 위 원고의 기존 신고에도 불구하고 이를 무신고로 볼 수밖에 없다. 원고들의 주장대로라면 만약 주식을 10차례에 걸쳐 양도하였고, 그중 최초 1회만 신고하였다면 나머지 9차례의 주식 양도 모두에 대한 신고가 있었던 것으로 보아야 하는 부당한 결과가 발생한다.

라) 쟁점④ 주장 관련

구 상증세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23591호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조 제1항, 제2항에 따라 비상장주식의 양도가액을 평가하면, 소외 2 회사에 대한 주식평가조서(을 제7호증)의 기재와 같이 이 사건 2차거래일을 기준으로 순자산가치와 순손익가치를 가중평균하여 산정한 소외 2 회사의 1주당 평가액은 22,550원이다. 따라서 이 사건 2차주식의 1주당 양도차익은 12,690원(= 22,550원 - 9.860원)이고, 이에 따른 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계 법령

[별지 2] 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 양수도계약의 구체적 내용

원고 4와 소외 3 일가 사이에 2008. 7. 2. 이 사건 양수도계약에 관하여 작성된 ‘유상증자 및 경영권 양수도 계약서’(갑 제1호증) 및 ‘부속합의서’(갑 제2호증)의 관련 규정은 아래 기재와 같다.

유상증자 및 경영권 양수도 계약서제1조(유상증자)소외 3 일가는 2008. 7. 2. 소외 1 회사 발행 신주(신주발행금액은 13,999,994,820원으로 한다)를 원고 4에게 배정하기로 하는 내용의 신규증자를 적법하게 실시하도록 한다.제3조(갑의 보증사항)③ 소외 1 회사는 본 계약 체결일 현재 일체의 부외채무 또는 우발채무(세금 등 포함)가 없으며, 부외채무 등에 대해서는 소외 3 일가가 책임지고 부담하기로 한다. 원고 4는 모든 거래가 종료된 후 부외채무가 추가 발견되거나 모든 거래 종료일 이전의 원인행위로 인한 우발채무가 확정된 경우 및 모든 거래 종료일 이전의 원인행위로 인한 각종 세금과 공과금이 2011. 6. 30까지 소외 1 회사에 추징되는 경우 즉시 이를 소외 3 일가에게 통보하여야 하며 소외 3 일가는 이에 대한 사실을 확인한 후 30일 이내에 세금 및 공과금과 그 연체료 등을 배상하여야 한다. 모든 거래가 종료된 날은 부속합의서에서 별도로 정한다.제4조(갑의 의무)① 소외 3 일가는 본 계약 체결일로부터 모든 거래가 종료되어 경영권이 원고 4에게 양도되기까지 원고 4의 사전 동의 없이 회사로 하여금 다음에 정한 행위를 하도록 하여서는 아니된다.1. 회사자본금의 증액 또는 감액② 소외 3 일가는 본 계약 체결 후 원고 4가 회사에 대한 정관 변경, 이사, 감사의 선임 및 해임, 주식교환 또는 영업양수도, 액면분할 등 본 조 1항 각 호의 경영상의 주요사안을 추진하는 경우 이러한 절차가 원활하게 추진될 수 있도록 최대한 협조한다.제5조(을의 보장)② 원고 4는 모든 거래가 종료될 때까지 회사의 의결권행사, 경영권 및 양도대상주식의 전매, 예약매매 등을 할 수 없다.제8조(일반사항)② 조세 및 기타 비용본 계약과 관련하여 각 당사자에 의하여 발생한 모든 조세, 공과금 기타 비용은 당사자간에 정한 합의서에 의하기로 한다.

부속합의서제1조(유상증자)① 이 사건 양수도계약 제1조에 따라 유상증자 직후 소외 3 일가는 신규 증자 금액에 대해서 위 계약이 이행되기까지 사용을 제한하며, 원고 4는 신규주식에 대한 의결권을 행사하지 않도록 한다. 분할신설회사와 소외 3 일가 그리고 소외 1 회사와 원고 4 사이의 모든 거래가 종결된 시점에서 원고 4의 신규주식에 대한 의결권 제한을 해지하기로 한다. 모든 거래가 종결되는 시점이라 함은 분할신설 후 공개매수가 끝나고 대표이사 소외 3과 원고 4 사이에 주식교환이 완료된 시점으로 한다.제2조(분할 및 부동산의 양도)① 기존사업부의 자산과 부채를 인적분할의 방식으로 분리한 뒤 원고 4 소유 분할신설회사의 주식을 소외 3 일가의 소외 1 회사 주식과 교환함을 원칙으로 한다. 다만 법령상의 제약 또는 세금 절세가 필요할 경우 당사자의 협의에 의하여 적절한 방식으로 변경할 수 있다. 이 경우 분할신설회사에 대한 원고 4의 지분율에 대한 의결권을 소외 3 일가에게 위임하며, 소유권을 포기하기로 하며, 원고 4가 소유권 포기로 인하여 세금 등 비용이 발생할 경우 그 비용은 소외 3 일가가 부담한다.제3조(주식의 교환 및 경영권의 양도)① 분할신설회사의 공개매수 완료 후, 즉시 분할신설회사 원고 4의 소유 지분 전부와 소외 1 회사의 소외 3 일가의 소유 지분 전부를 상호 교환하기로 한다.② 제반 사정으로 인하여 분할신설회사 원고 4의 지분 중 일부만 교환하게 될 경우, 상호 주식 교환 후 원고 4가 보유한 분할신설회사의 지분의 의결권을 제한하기로 하며 원고 4는 지분을 포기하기로 한다.③ 본조 제2항과 관련하여 지분포기각서를 작성하며 공증 받는다.제4조(기존사업부의 경영과 관련한 기본합의)⑥ 제3조에 의한 주식 교환 후 2009. 6. 30. 소외 4가 소유한 소외 1 회사의 지분 및 본조 제7항 제2호의 순자산을 포함하여 15억 원에 원고 4에게 양도하기로 한다. 예시적으로 2009. 6. 30. 소외 4 소유의 재고자산, 상표권 등 자산을 제외하고 기존사업부의 순부채가 5억 원인 경우 소외 1 회사가 5억 원을 부담하고 차액 10억 원을 소외 4에게 지급하기로 한다.

2) 원고들의 지분 변경 현황 등

가) 소외 1 회사의 유상증자와 원고들의 2008. 7. 8. 신주인수를 전후한 소외 1 회사의 지분 현황은 아래 표 기재와 같다.

주주유상증자 전 주식 수유상증자 후 주식 수소외 3391,590 (29.66%)391,590 (13.46%)원고 4-113,379 (03.89%)원고 3-453,514 (15.59%)원고 2-453,514 (15.59%)원고 1-566,894 (19.49%)기타928,491 (70.34%)928,410 (31.98%)발행주식 총계1,320,000 (100.0%)2,907,301 (100.0%)

나) 소외 1 회사의 2008. 10. 6.경 소외 6 회사 및 소외 2 회사로의 인적분할을 전후한 지분 현황은 아래 표 기재와 같다.

주 주인적분할 전소외 1 회사인적분할 후소외 6 회사(분할존속법인)소외 2 회사(분할신설법인)주식수비율(%)주식수비율(%)주식수비율(%)소외 3391,59013.46165,82313.46225,76613.46원고 4113,3793.8948,0113.8965,3673.89원고 2453,51415.59192,04615.59261,46715.59원고 3453,51415.59192,04615.59261,46715.59원고 1566,89419.49240,05819.49326,83519.49기타928,41031.98393,15031.98535,26531.98총합계2,907,301100.01,231,134100.01,676,167100.0

다) 2008. 12. 23. 이 사건 1차거래와 소외 2 회사의 2009. 2. 23. 1차 유상감자와 2009. 5. 11. 액면분할 및 2009. 5. 20.자 2차 유상감자, 그리고 2009. 6. 23. 이 사건 2차거래를 거치면서 소외 2 회사의 주식변동상황은 아래 표 기재와 같다.

(단위 : 주)

주주명신설 당시2008. 10. 6.이 사건 1차거래2008. 12. 23.1차 유상감자2009. 2. 23.액면분할2009. 5. 11.2차 유상감자2009. 5. 20.이 사건 2차거래2009. 6. 23.소외 3225,766503,005(+277,239)503,0055,030,050(×10)5,030,0509,723,480(+4,693,430)원고 465,36765,36765,367653,670(×10)417,050(-236,620)0(-417,050)원고 2261,467261,467189,021(-72,446)1,890,210(×10)1,890,2100(-1,890,210)원고 3261,467261,467189,021(-72,446)1,890,210(×10)1,890,2100(-1,890,210)원고 1326,83549,596(-277,239)49,596495,960(×10)495,9600(-495,960)기타535,265535,265535,2655,352,650(×10)5,352,6505,352,650합계1,676,1671,676,1671,531,275(-144,892)15,312,750(×10)15,076,130(-236,620)15,076,130

라) 한편 소외 2 회사는 비상장주식인 소외 2 회사 주식의 환금성에 제약이 있는 점을 감안하여 투자자보호 목적으로 2008. 10. 10.부터 2008. 11. 14.까지 소수주주들로부터 자기주식 528,621주를 1주당 17,170원(증권거래법령과 상증세법상 보충적 평가액 중 큰 금액으로 산정한 가액)에 취득하였다.

3) 이 사건 각 주식의 거래를 전후한 여러 사정

가) 소외 1 회사의 2008. 10. 6.자 인적분할 이후 소외 3 일가는 계속해서 소외 2 회사의 이사로 선임되어 있었으나, 원고들은 소외 2 회사의 이사로 선임된 적이 없다. 반면 소외 3 일가는 2008. 11. 14.자 임시주주총회를 통하여 모두 소외 6 회사의 이사직에서 사임하였고, 같은 날 원고 4, 원고 1이 소외 6 회사의 이사로 선임된 후 원고 4가 대표이사로 선임되었다.

나) 소외 3은 원고들과 이 사건 양수도계약을 체결하면서 위 계약을 담보할 목적으로 본인이 차명으로 소유하던 소외 1 회사의 주식 19,071주를 별도로 원고들 측에 에스크로 명목으로 예치하였는데, 2008. 12.경 원고들과 소외 3은 위 소외 1 회사 주식 19,071주가 원고들에게 이미 이전된 것으로 보아 소외 3이 당초 이전하기로 약정한 소외 2 회사의 주식 165,823주에서 26,741주를 제외한 나머지 이 사건 교환대상 주식 139,082주만을 원고들에게 이전하기로 정산하였다.

다) 이 사건 1차거래일인 2008. 12. 23. 소외 3과 원고 1 사이에 작성된 ‘주식 양수도 계약서’(갑 제5호증)의 구체적인 내용은 아래 기재와 같다.

주식 양수도 계약서1. 양도주식: 소외 6 회사 기명식 보통주2. 양도수량: 보유주식 165,823주 중 139,082주(이 사건 교환대상 주식)3. 인수대금: 소외 2 회사 기명식 보통주 277,239주(이 사건 1차주식)4. 인수대금의 지급시기는 계약 당일로 한다.5. 소외 3은 계약일에 주권을 원고 1에게 양도하여야 하며, 원고 1은 인수대금에 해당하는 주권을 소외 3에게 양도하여야 한다.

확약서

원고들 소유의 소외 2 회사의 기명식 보통주식의 소유권을 포기하며 다음의 권리 일체를 소외 3에게 모두 이전하기로 하고 다음 내용을 확약하는 바입니다.

1. 대상 주식

주식소유자주식수비고원고 149,596주소외 2 회사 기명식 보통주원고 3189,021주소외 2 회사 기명식 보통주원고 2189,021주소외 2 회사 기명식 보통주원고 465,367주소외 2 회사 기명식 보통주합계493,005주

2. 위 주식의 소유권 및 재산권은 소외 3에게 있으며, 원고들은 소외 3의 동의없이 양도 및 증여 등 권리이전행위를 일체 할 수 없다. 단 소외 3이 무상양도를 원고들에게 요구할 경우 원고들은 지체 없이 동의한다.

원고들의 주식 포기로 인하여 발생하는 모든 세금(명의신탁이나 양도로 간주하여 부과되는 세금과 공과금 및 소외 2 회사의 배당시 원고들의 소득합산으로 인한 누진세액 포함)은 소외 3이 부담한다.

3. 원고들은 위 주식과 관련하여 법령에서 규정하고 있는 일체의 권리를 소외 3에게 모두 위임한다.

4. 위 주식에 대해 소외 3이 원고들에게 무상감자를 요구할 경우, 원고들은 이의제기를 하지 않으며 지체 없이 동 사항에 대해 동의한다. 또한 회사가 동 사항과 관련하여 주주총회를 소집할 경우 원고들은 동 사항에 대해 의결권을 갖지 못하며 소외 3의 의사에 따르도록 한다.

5. 위 주식과 관련된 소외 3의 모든 의사결정에 대해 원고들은 어떠한 이의도 제기하지 않으며 소외 3의 의사결정에 그대로 따르기로 한다.

라) 원고들은 2009. 2. 5. 소외 3에게 원고들 소유의 소외 2 회사 주식 합계 493,005주의 소유권을 포기하며 해당 주식의 권리 일체를 이전한다는 확약서(갑 제7호증)를 작성하여 주었는데, 그 구체적인 내용은 아래 기재와 같다.

마) 이 사건 2차거래일인 2009. 6. 23. 소외 3과 원고들 사이에 작성된 이 사건 증여계약서(갑 제23호증)의 구체적인 내용은 아래 기재와 같다.

주식무상증여계약서

원고들은 2009. 2. 5. 소외 3과 작성한 확약서 및 이 사건 양수도계약에 근거하여 원고들이 보유한 소외 2 회사 주식 전부를 소외 3에게 무상증여를 합니다.

1. 대상주식

주식소유자주식수비고원고 1495,960주소외 2 회사 기명식 보통주(액면가 500원)원고 31,890,210주소외 2 회사 기명식 보통주(액면가 500원)원고 21,890,210주소외 2 회사 기명식 보통주(액면가 500원)원고 4417,050주소외 2 회사 기명식 보통주(액면가 500원)합계4,693,430주(이 사건 2차주식)

2. 원고들이 소외 3에게 위 주식을 증여함에 있어 발생되는 모든 세금(명의신탁이나 양도로 간주되어 부과되는 세금과 공과금 등을 포함하며 이에 한정되지 않는다)은 소외 3이 부담한다.

4) 원고 1 및 소외 3의 양도소득세 신고ㆍ납부 현황 등

가) 이 사건 1차거래와 관련하여, 소외 3은 2009. 2. 27. 이 사건 1차주식(소외 2 회사의 비상장주식 277,239주)의 매매사례가액 1주당 17,170원을 실지거래가액으로 하여 양도가액 4,760,193,630원에 대한 양도소득세 298,280,100원을 신고ㆍ납부하였고, 원고 1은 2009. 5. 29. 소외 3로부터 넘겨받은 이 사건 교환대상 주식 139,082주의 양도가액 1,376,911,800원(= 139,082주 × 당일자 종가 1주당 9,900원)에 취득가액 2,445,247,980원(= 277,239주 × 8,820원)을 적용하여 양도소득세를 과세미달로 신고하였다. 반면 이 사건 2차거래와 관련하여서는 소외 3과 원고들 모두 양도소득세를 신고한 바가 없다.

나) 서울지방국세청장은 2011. 3. 4.부터 2011. 5. 20. 소외 6 회사에 대한 법인세 통합조사(주식변동 포함)를 실시한 결과, 소외 3이 원고들로부터 이 사건 2차주식을 인수하고도 증여세 신고를 아니한 사실을 확인하여 그 과세자료를 역삼세무서장에 통보하였고, 이에 소외 3에게 이 사건 2차주식에 대한 증여세 과세예고통지가 이루어졌다.

다) 소외 3은 위 과세예고통지와 관련하여 2011. 8. 12. 서울지방국세청 및 2012. 2. 20. 국세청에 각각 과세전적부심을 청구하는 한편, 2012. 4. 2. 이 사건 1차거래일인 2008. 12. 23.을 이 사건 2차주식의 양도일로 보아 이에 대한 양도소득세 1,202,983,940원(가산세 포함, 이하 같다)을 수정신고ㆍ납부하였다.

라) 역삼세무서장이 2012. 9. 14. 소외 3에게 2009. 6. 23.자 증여분 증여세 합계 5,980,934,830원을 결정ㆍ고지하자, 소외 3은 위 처분에 불복하여 2012. 9. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2013. 4. 26. 소외 3의 위 청구를 인용하여 소외 3에 대한 위 처분을 취소하였다.

5) 관련 세무조사 당시 원고 4 등의 진술

가) 원고 4는 2011. 3. 22. 소외 1 회사에 대한 세무조사와 관련하여 서울지방국세청에 출석하였고, 소외 3의 증여세 재조사와 관련하여 2012. 3. 20. 서울지방국세청 조사관에게 문답서를 서면 작성하여 주거나 2012. 5. 23. 세무법인 사무실에 출석하여 진술하였는데, 관련 내용은 아래 기재와 같다.

○ 2009. 6. 23. 이 사건 2차거래가 있기 전까지 이 사건 2차주식의 소유는 원고들이 맞다. 이 사건 2차주식의 주권 실물은 위 거래일에 소외 3에게 주었다.○ 소외 3이 2009. 2. 26.까지 원고들에게 주식 포기확약서의 작성을 요청하였으나, 계약 당사자간에 사소한 부분에 다툼이 발생하여 이를 거부하였다.- 2011. 3. 22.자 진술(을 제3호증의 1, 8쪽, 9쪽 참조)○ 이 사건 1차거래 이후 이 사건 2차주식에 대해 2009. 6. 23. 이 사건 2차거래가 있기까지 장기간 이전이 일어나지 않은 이유는 M＆A 후속 업무들이 진행 중이었고 소외 3 측에서 이전할 대상을 찾지 못해 늦어졌다.○ 이 사건 1차거래 이후 2회의 유상감자가 이루어진 이유는 유상증자 납입금액과 차입금으로 회사의 분할 및 공개매수에 따른 비용을 모두 부담하고 나머지 금액은 유상감자를 통하여 다시 정산받기로 처음부터 계약하였기 때문이다.○ 이 사건 2차거래가 이루어진 이유는 첫 계약 시점부터 교환이 이루어지기로 되어 있었으나, 만약 모든 주식이 교환되지 않을 경우에는 포기하기로 되어 있기 때문이고, 혹시 추후에 세금 문제가 발생할 수 있어 세무 주체를 확실히 하기 위해 이 사건 증여계약서를 별도로 작성한 것이다.○ 이 사건 1차거래 이후 나머지 원고들이 보유하던 소외 2 회사의 주식 637,897주를 ▽▽회계법인의 제안에 따라 ○○관광에 증여하지 아니한 이유는, 계약당사자가 소외 3인데 추후에 어떠한 문제가 생길지 모른다는 판단에 따른 것이다.- 2012. 3. 20.자 진술(을 제3호증의 3, 3쪽, 4쪽 참조)○ 이 사건 증여계약서의 내용이 이 사건 양수도계약과 다른 점은 없지만 주식 포기와 관련하여 문제가 발생시 부속합의서 내용을 다시 한 번 명확하게 하기 위하여 작성된 것이다.- 2012. 5. 23.자 진술(을 제3호증의 2, 2쪽 참조)

나) 이 사건 양수도계약 관련 제반 실무업무를 담당하였던 ▽▽회계법인 소속 소외 7 전무는 2012. 3. 22. 소외 3의 증여세 재조사와 관련하여 서울지방국세청에 출석하여 아래와 같은 취지로 진술하였다.

○ 2008. 12. 23. 이 사건 1차거래 당시 원고 1이 보유하고 있던 이 사건 1차주식 277,329주만을 교환한 이유는, 원고 4 입장에서 예상치 못한 세금 등의 비용부담이 문제가 되어 경영권 확보를 위한 취소지분을 스왑한 것이다.○ 이 사건 2차주식에 대하여 무상증여계약이 이루어진 이유에 대해, 원고 4가 위 주식의 이전을 차일피일 미루더니 어느 날 이 사건 증여계약서를 작성해주지 않으면 위 주식을 못 주겠다고 하는 등 증여계약서 작성을 강요하여 소외 3에게 위 계약서는 형식적인 것이니 일단은 계약서를 작성해주고 주권 실물을 받아오는 것으로 소외 8 회계사로부터 보고 받았다. 이 사건 증여계약서는 주식보관증 의미밖에는 없다.- (을 제6호증 3쪽, 4쪽 참조)

다) 소외 7 전무와 함께 이 사건 양수도계약 관련 제반 실무업무를 담당하였던 ▽▽회계법인 소속 소외 8 공인회계사는 2013. 3. 4. 서울지방국세청 조사관에게 아래와 같은 취지로 답변하였다.

○ 소외 3과 원고 4는 이 사건 양수도계약을 체결하여 ① 유상증자, ② 인적분할, ③ 주식교환의 일련의 절차를 거쳐 소외 3은 비상장법인을, 원고 4는 코스닥법인을 소유하기 위한 M＆A 계약을 하였다.○ 이 사건 증여계약서를 작성한 경위는, 소외 3이 인적분할 후 소외 3이 보유한 이 사건 교환대상 주식을 전부 원고 4에게 이전하였으나 원고들이 일부 주식만 인도하고 나머지 잔여주식의 인도를 지연함에 따라 M＆A 거래 중개인인 본인도 여러 차례 이 사건 양수도계약대로 교환에 응하여 줄 것을 원고 4에게 요청하였으나, 위 원고가 잔여주식의 인도를 거부하다가 소외 3이 이 사건 증여계약서에 날인하여 주면 주권을 인도하겠다고 하여 형식적으로 증여계약의 형태로 주식교환절차를 마무리 하였다.○ ▽▽회계법인이 소외 3이 이 사건 증여계약서에 날인을 하여도 증여세 문제가 없을 것이라 판단한 이유는, 비록 소외 3이 증여계약으로 나머지 이 사건 2차주식을 수령하는 거래형식을 취하였지만 위 주식의 실제 소유자는 소외 3이라고 상호 확인되는 상태에서 형식적인 증여계약을 하였다고 하여 거래의 본질이 양도가 아닌 증여라고 볼 수 없고, 이 사건 2차주식의 이전은 이 사건 양수도계약에 따른 주식교환과 직접 관련이 있어 주식교환으로 차익이 발생하면 양도소득세를 납부하면 되지 소외 3에게 증여세가 부과될 수 없다고 판단하였기 때문이며, 더욱이 소외 3과 원고 4는 경제적 이해관계가 정면으로 대립되는 관계였기 때문에 위 원고가 소외 3에게 이 사건 2차주식을 무상으로 증여할 하등의 이유가 없었던 점도 고려되었다. - (을 제1호증 17쪽 참조)

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 10, 13, 14, 15, 21, 23호증, 을 제1, 3, 5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 쟁점① 주장에 대한 판단(실질과세의 원칙 위반 여부)

가) 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조는 제1항에서 "과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다."라고 규정하고 있고, 제2항에서 "세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다."라고 규정하고 있으며, 제3항에서 "제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다."라고 규정하고 있다.

이러한 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 이는 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적 안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적인 관계에 있다고 할 것이다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 등 참조).

한편 구 소득세법 제88조 제1항은 "자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것"을 소득세법상 ‘양도’로 정의하고 있다.

나) 이 사건 2차거래와 관련하여 원고들이 이 사건 2차주식을 소외 3에게 무상증여하는 내용의 이 사건 증여계약서(갑 제23호증)가 작성된 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 앞서 본 인정사실과 변론 전체의 취지를 통하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 관련 법리 및 규정에 비추어 보면, 이 사건 2차주식도 이 사건 1차주식과 마찬가지로 이 사건 교환대상 주식과 대가관계에 있음이 명백하므로, 이 사건 2차거래의 실질은 이 사건 증여계약서의 작성에도 불구하고 이 사건 2차주식이 유상으로(이 사건 교환대상 주식과 교환으로) 소외 3에게 사실상 이전된 것으로서 구 소득세법 제88조 제1항의 ‘양도’에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 같은 전제에 선 이 사건 처분은 적법하고, 이 사건 처분이 실질과세의 원칙에 반한다는 원고들의 쟁점① 주장은 이유 없다.

① 이 사건 양수도계약은 원고들이 신주인수대금 약 140억 원 등으로 상장기업인 소외 6 회사의 경영권을 인수하는 대신, 소외 3은 비상장법인인 소외 2 회사의 경영권을 얻는 것을 주된 내용으로 하면서, 당사자들의 주식교환이 완료된 시점을 ‘모든 거래가 종료된 날’로서 정하되(부속합의서 제1조 제1항 참조), 이를 당사자들의 의무가 종료되는 기준일로 정하였다(경영권 양수도 계약서 제4조 제1항, 제5조 제2항 등 참조). 이와 같이 이 사건 양수도계약은 처음부터 원고들 소유의 소외 2 회사 주식 전부와 소외 3이 보유하는 소외 6 회사의 주식이 서로 맞교환될 것임을 원칙으로 하면서, 다만 절세 등 목적으로 그 교환 방식만을 당사자의 협의에 의하여 바꿀 수 있다고 정하였다고 할 것이다(부속합의서 제2조 제1항).

따라서 이 사건 양수도계약에 따라 소외 1 회사의 인적분할 이후 원고들이 보유하게 된 소외 2 회사의 주식에 속하는 이 사건 2차주식 역시 원칙적으로 위 계약의 교환목적물에 해당한다.

② 원고 4가 이 사건 증여계약서의 내용이 이 사건 양수도계약과 다르지 아니하였다고 진술하였고, 원고들 역시 이 사건 증여계약서를 작성하면서 이 사건 2차거래는 이 사건 양수도계약에 근거한 것임을 명확히 하였는바, 그 목적물인 이 사건 2차주식은 이 사건 양수도계약의 이행에 따라 교환목적물로서 소외 3에게 이전된 것으로 봄이 타당하다.

③ 이 사건 양수도계약에 따르면, 원칙적으로 소외 1 회사의 인적분할 이후 원고들이 보유하게 된 소외 2 회사의 주식 전부가 소외 3에게 이전되어야 하고(부속합의서 제3조 제1항), 소외 3로서는 이 사건 1차주식의 이전만으로는 소외 2 회사의 지분 32.84%를 얻는 것에 그쳐 이 사건 1차거래만으로 이 사건 양수도계약의 목적을 달성할 수 없음이 분명한바, 원고들로서는 이 사건 1차주식과 마찬가지로 이 사건 2차주식에 대해서도 이를 소외 3에게 이전할 이행의무를 부담한다고 할 것이다. 이와 같이 원고들의 의무이행에 따른 행위인 이 사건 2차거래를 타인에게 무상으로 재산 또는 이익을 이전하는 것으로서 ‘증여’에 해당한다고 볼 수는 없다. 더구나 원고들이 이 사건 양수도계약의 계약 상대방인 소외 3에게 이 사건 2차주식을 무상으로 증여할 이유도 전혀 찾을 수 없다.

④ 2009. 2. 5.자 확약서의 기재 및 ▽▽회계법인 소속 소외 7과 소외 8의 진술에 의하면, 원고들이 2009. 2. 5.경 보유하던 소외 2 회사의 주식을 소외 3의 의사에 따라 소외 3에게 모두 이전하여 주기로 약정하고서도 세금이나 비용 등을 담보할 목적으로 이를 전부 소외 3에게 이전하여 주지 아니하고 계속해서 보유하고 있었던 것으로 보이고, 그럼에도 위 세금이나 비용 등과 정산될 것이 아닌 이상, 이 사건 증여계약서가 작성되기 전에 이미 원고들이 보유하던 나머지 소외 2 회사 주식이 최종적으로 귀속되어야 할 자가 소외 3이라는 점에 대하여는 계약 당사자간에 공통된 인식이나 합의가 존재하였던 것으로 보이는바, 이 사건 증여계약서가 당사자들 사이에 진정한 의사의 합치에 따라 작성된 것으로 보기도 어렵다.

⑤ 원고들이 소외 3에게 이 사건 증여계약서의 작성을 요구한 이유에 대하여 위 소외 7과 소외 8은 일치하여 원고들이 세금 등 부담을 회피하기 위한 것이라고 진술하고 있고, 원고 4 역시 원고들에게 세금 문제가 발생할 수 있기에 이 사건 증여계약서를 별도로 작성한 것이라고 진술하였는바, 원고들이 실질과 괴리되는 형식의 이 사건 증여계약서를 작성할 무렵에는 원고들에게 양도소득세의 부담을 회피할 목적 역시 있었다고 봄이 타당하다.

⑥ 원고들은 거래행위의 일부분만을 자의적으로 재구성하여 기업을 인수하는 자에게 양도차익을 전제로 하는 양도소득세를 과세함은 부당하다고 주장한다. 그러나 기업이나 경영권을 인수하는 과정에서 인수대상 기업이 아닌 다른 회사의 주식을 취득하게 되어 이후 이를 주식교환의 방법으로 처분하는 과정에서 소득이 발생하였다면 이에 상응하는 양도소득세가 부과되어야 함이 타당하고, 이와 같은 과세가 거래구조의 자의적인 구분에 따른 것이라 볼 수도 없다. 원고들이 이 사건 양수도계약에 따라 소외 6 회사의 경영권을 얻는 것과 별개로 그 과정에서 원고들이 취득한 이 사건 각 주식의 취득시기와 그 처분시기(교환시기)의 시차로 인하여 발생한 이득에 대하여 과세함에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다. 원고들의 위 주장은 받아들이지 않는다.

2) 쟁점② 주장에 대한 판단(부과제척기간 도과 여부)

가) 구 소득세법 제98조, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항에 의하면, 자산의 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하도록 되어 있다. 여기서 자산을 서로 교환하는 계약에 의하여 자산의 양도가 이루어진 경우에는 양도대가로 취득할 교환대상 목적물에 대한 실질적인 처분권을 취득한 것으로 인정되는 때에 대금을 청산한 것으로 볼 수 있을 것이다(대법원 1996. 1. 23. 선고 95누7475 판결 등 참조).

나) 앞서 본 인정사실과 변론 전체의 취지를 통하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 관련 법리 및 규정에 비추어 보면, 원고들의 이 사건 각 주식의 양도시기는 소외 3과 사이에 주식교환이 완료되어 대금 청산이 이루어졌다고 볼 수 있는 이 사건 2차거래일인 2009. 6. 23. 이후라 할 것이다. 따라서 위 양도시기가 이 사건 1차거래일인 2008. 11. 23.임을 전제로 이 사건 처분이 7년의 부과제척기간을 도과하여 위법하다는 원고들의 쟁점② 주장도 이유 없다.

① 이 사건 양수도계약이 당사자들의 주식교환이 완료된 시점을 ‘모든 거래가 종료된 날’로 보아 이를 당사자들의 의무가 종료되는 기준일로 정한 사실은 앞서 본 바와 같다. 특히 이 사건 양수도계약은 모든 거래가 종료될 때까지 원고 4가 신규주식인 소외 6 회사 주식의 의결권 행사, 경영권 및 양도대상 주식의 전매 등을 할 수 없도록 정하고 있는바(경영권 양수도 계약서 제5조 제2항, 부속합의서 제1조 제1항), 결국 주식교환이 아직 완료되기 전인 사건 1차거래 당시에는 원고 4가 이 사건 교환대상 주식의 명의를 이전받았다 할지라도, 이에 대한 의결권 행사와 전매 등의 제한으로 원고들이 그 실질적인 처분권을 완벽하게 취득하였다고 볼 수 없어 소외 3과 사이에 그 대금을 모두 청산한 것으로 볼 수 없다.

이에 대하여 원고들은, 원고들이 이 사건 1차거래 이전에 소외 6 회사의 경영권을 모두 이전받았고 이후 소외 3 일가로부터 지급받은 대가도 더 이상 존재하지 아니하므로 이 사건 1차거래로서 모든 대금이 정산된 것이라 주장한다. 그러나 이 사건 양수도계약에 따르면 원고들과 소외 3 사이에 주식교환이 모두 완료되어 소외 3이 소외 2 회사의 경영권을 모두 완전하게 이전받기 전에는 소외 3로서도 언제든지 원고들에게 이 사건 교환대상 주식의 의결권을 제한하거나 원고들처럼 추가 정산을 요구할 수 있었다고 보이고, 나아가 주식교환 완료 이후인 2009. 6. 30. 소외 4가 소유하던 소외 6 회사의 지분을 원고 4에게 15억 원에 양도할 것을 예정하고 있기도 하였는바(부속합의서 제4조 제6항). 이 사건 1차거래 당시에 원고들이 소외 3로부터 지급받을 대가가 이 사건 교환대상 주식만으로 확정되었다고 볼 수 없다. 따라서 이후 원고들이 소외 3로부터 이 사건 교환대상 주식 외에 지급받은 대가가 없다 하더라도, 이는 위 주식 인수 이후 원고들과 소외 3의 정산 완료에 따른 우연한 결과라 할 것이고, 이와 같은 정산 완료로 인해 이 사건 양수도계약의 대금 청산시기가 이 사건 1차거래일로 소급하게 된다고 볼 수도 없다. 원고들의 위 주장은 받아들일 수 없다.

② 원고들이 이 사건 각 주식과 교환으로 소외 3로부터 지급받은 것은 이 사건 1차거래 당시 이전받은 이 사건 교환대상 주식이 유일하기는 하다. 그러나 이 사건 양수도계약에 따라 이 사건 2차주식도 이 사건 교환대상 주식과 대가관계에 있음은 앞서 본 바와 같은데, 그럼에도 위 1차거래일인 2008. 12. 23.경 이전에 소외 3에게 교환대가로 이전할 원고들 보유의 소외 2 회사 주식수가 최종적으로 확정되었다고는 보이지 않는다. 따라서 이 사건 교환대상 주식과 대가관계에 있는 이 사건 2차주식의 수를 확정하여 이를 소외 3에게 이전하기도 전인 이 사건 1차거래일에 위 당사자들 사이에 교환대금에 대한 모든 청산이 완료되었다고 볼 수는 없다.

③ 원고들은 이 사건 1차거래 이후에도 비용 정산의 목적으로 2회에 거쳐 소외 2 회사의 주식을 유상감자하여 그 대금을 지급받았다. 당초 원고들은 이 사건 양수도계약에서 원고들이 보유하게 될 소외 2 회사 주식 전부를 소외 3에게 교환대가로 이전하기로 약정하였던 이상, 그 일부를 위 약정대로 소외 3에게 이전하지 아니하고 해당 유상소각대금을 지급받은 것은 위 교환대가의 추가 정산에 해당한다고 봄이 타당하고, 이와 달리 위 유상감자가 주식교환과 무관하다거나 이 사건 1차거래 이후 교환할 주식의 범위가 변경된 것이 없다는 원고들의 주장은 받아들일 수 없다.

④ 만약 원고들의 주장처럼 이 사건 1차거래만으로 소외 3과 사이에 모든 대금을 청산한 것이라면, 원고들이 2009. 2. 5. 소외 3에게 당시 보유 중이던 소외 2 회사 주식 전부를 이전하여 준다는 내용의 확약서를 작성하여 줄 이유도 찾을 수 없게 된다. 오히려 지분 중 일부만을 교환하게 될 경우 이후 절차에 대해 이 사건 양수도계약은 ‘지분 포기’의 방법으로 약정(부속합의서 제3조 제2항)한 것과 달리, 위 확약서는 일부 지분 교환 이후 잔존하는 소외 2 회사의 주식의 처리에 대해 ‘무상양도’ 또는 ‘무상감자’ 등 방법을 예정하고 있었고, 이후 실제 소외 3에게 이전될 이 사건 2차주식의 수를 정확하게 특정하지도 못하였는바, 원고들과 소외 3 사이에 위 확약서 작성 무렵까지도 서로 교환하여야 할 주식의 수는 물론 구체적인 주식교환의 방법에 대해서도 합의하지 못하였던 것으로 봄이 타당하다.

⑤ 한편 이 사건 1차거래 당시 작성된 ‘주식 양수도 계약서’에 이 사건 교환대상 주식의 인수대금이 이 사건 1차주식으로 기재되어 있기는 하다. 그러나 이 사건 1차거래로 소외 3이 모든 인수대금을 정산받은 것으로 보게 되면, 소외 3로서는 이 사건 1차주식을 합하여 소외 2 회사의 지분 32.84%를 얻는 것에 그쳐 이 사건 양수도계약의 목적을 달성할 수 없다. 더구나 이 사건 교환대상 주식과 이 사건 각 주식 전부가 대가관계에 있는 이상, 소외 3로서도 이 사건 1차거래 당시 원고들로부터 이 사건 2차주식을 포함한 이 사건 각 주식 전부를 이전받기 위하여 이 사건 교환대상 주식을 원고 4에게 이전하였다고 봄이 타당하다. 따라서 위 ‘주식 양수도 계약서’의 인수대금은 당해 거래의 대상을 특정하는 형식적 기재에 불과하다고 할 것인바, 위 기재를 근거로 이 사건 교환대상 주식의 이전에 따른 정산이 완료되었다거나 이후 이루어진 이 사건 2차주식의 이전이 이 사건 교환대상 주식의 이전과 무관한 것이라 볼 수 없다.

3) 쟁점③ 주장에 대한 판단(이 사건 1차주식에 관한 부과제척기간의 도과 여부)

가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호, 제3호는 일반적으로 국세 부과의 제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 정하면서도, ‘납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’에는 국세 부과의 제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 정하고 있다.

나) 국세기본법이 7년의 장기 부과제척기간을 규정한 취지를 비롯하여 앞서 본 인정사실과 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고 1이 법정신고기한 내인 2009. 5. 29. 이 사건 1차거래와 관련하여 양도소득세 과세표준신고서를 피고 강남세무서장에게 제출한 이상, 이를 무신고에 해당한다고 볼 수는 없으므로, 적어도 이 사건 1차거래로 인한 부분에 한해서는 7년의 부과제척기간을 적용함이 위법하다. 따라서 이와 같은 취지의 원고들의 쟁점③ 주장은 이유 있다.

① 7년의 부과제척기간은 국세기본법이 1994년경 개정되면서 도입되었다. 무신고에 대해 7년의 장기 부과제척기간을 적용한 이유는 ‘신고성실도’와 ‘과세권 행사의 난이도’의 차이 때문이다.

② 과세표준과 세액에 관한 자료는 일반적으로 납세자가 보유하고 있어 납세자가 그 자료를 제출하면 과세관청은 그 자료에 기초하여 세금이 제대로 신고ㆍ납부되었는지 확인할 수 있다. 납세자가 자료를 제출하지 않는다면 과세관청으로서는 과세권을 행사하기 어렵기 때문에 7년의 부과제척기간을 규정하게 되었다. 따라서 적용되는 부과제척기간이 일반 부과제척기간인 5년인지 아니면 장기 부과제척기간인 7년인지는 납세자의 신고가 적법한지 여부보다는 납세자가 과세표준과 세액에 관한 자료를 제대로 제출하였는지 여부에 따라 결정된다고 보아야 한다.

③ 원고들이 이 사건 2차거래의 실질을 잘못 판단한 나머지 이에 대한 양도소득세 신고를 하지 아니하였더라도, 이는 이 사건 1차거래와 그 양도(교환) 대상이 구분되는 이 사건 2차거래에 관한 사유로서 이로 인해 이미 이 사건 1차거래에 대해 존재하는 원고 1의 2009. 5. 29.자 양도소득세 확정신고가 소급하여 부존재하게 된다고 볼 수 없다. 또한 원고 1이 위 2009. 5. 29.자 양도소득세 확정신고 외에 이 사건 2차거래 이후 그 양도가액 등을 합산하여 다시 양도소득세 신고를 하지는 아니하였더라도, 이를 처음부터 아무런 신고행위도 하지 아니한 무신고와 등가적인 것이라 평가하는 것도 부당하다.

④ 비록 원고들이 이 사건 2차거래에 대한 양도소득세 확정신고를 하지 아니하였고, 원고 1도 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목의 기타자산에 해당하는 이 사건 각 주식의 이 사건 1차거래 및 이 사건 2차거래의 양도가액 등을 모두 합산하여 신고한 바는 없다. 그러나 원고들에게 이 사건 2차거래 관련 양도소득세 부과처분이 늦어진 이유는 피고들이 ‘양도’의 실질을 가지는 이 사건 2차거래를 ‘증여’로 잘못 판단한 결과에 따른 것으로 보이고, 피고들이 소외 6 회사 등에 대한 세무조사 및 소외 3의 증여세 부과처분에 대한 불복 등에도 불구하고 오랜 기간 동안 원고들에게 과세권을 행사하기 어려웠다고 볼 아무런 합리적인 이유를 찾아볼 수 없다.

⑤ 피고들은 원고 1이 2008년 귀속분이 아닌 2009년 귀속분에 대하여는 양도소득세 확정신고를 하지 아니하였으므로, 구 소득세법 시행령 제158조 제2항, 제162조 제2항 등 규정에 의해 모두 부적법한 신고로서 이 사건 각 주식의 양도에 대해 모두 무신고가 이루어진 것으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 소득세법령에 따라 특정 주식의 양도시기와 양도가액 등을 합산할 수 있는지 여부와 이미 이루어진 양도소득세 확정신고의 효력을 소급하여 부존재하는 것으로 평가하는 것은 별개의 문제라고 할 것이고, 이와 달리 소득세법령 어디에도 기존의 확정신고를 소급해서 무효화하는 규정은 두고 있지 아니하다. 피고들의 위 주장은 받아들일 수 없다.

⑥ 또한 피고들은 원고들의 주장대로라면 양도대가로서의 주식을 10차례에 걸쳐 분할 지급받은 경우에도 최초 1회만 신고하였다면 그 전체에 대한 신고가 있었던 것으로 의제되는 부당한 결과가 발생한다고 주장한다. 그러나 원고들의 주장은 여러 차례에 걸쳐 주식을 양도하여 그중 1회만 신고한 경우 나머지 9차례가 아닌 그 1회분에 대해서만 신고된 것으로 보아야 한다는 취지임이 명백한바, 원고들의 주장을 잘못 이해한 결과에 따른 피고들의 위 주장은 받아들일 수 없다. 오히려 피고들의 주장에 따르면, 수회에 걸친 주식의 양도에 따른 신고를 아무리 적법하게 마쳐도 마지막 단 1회의 신고만 누락하면 전체 주식 양도에 대한 신고가 없는 것으로 보아야 한다는 부당한 결론에 이르게 된다.

4) 쟁점 ④ 주장에 대한 판단(이 사건 2차주식의 양도가액 산정의 위법 여부)

가) 구 소득세법 제114조 제1항, 제4항, 제7항은 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에 양도소득과세표준과 세액을 결정함에 있어 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계조사하여 결정할 수 있다고 정하고 있고, 이에 구 소득세법 시행령 제176조의2 제3항은 위 양도가액의 추계결정은 3개월 이내의 매매사례가액, 3개월 이내의 2이상의 감정가액의 평균액, 제2항 규정에 의하여 환산한 취득가액, 기준시가의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의하도록 정하고 있다.

또한 구 소득세법 제99조 제1항 제5호는 제114조 제7항의 규정에 따른 기준시가 중 제94조 제1항 제3호 다목의 규정에 의한 주식등(주권상장법인이 아닌 법인의 주식등)에 대하여는 상증세법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액으로서 평가기준시기 및 평가액은 대통령령이 정하는 바에 의하도록 정하고 있고, 이에 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호는 직전 사업연도 종료일 현재의 장부가액(토지의 경우에는 개별공시지가 등)을 기준으로 순자산가치를 평가하도록 하면서 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인(부동산 과다 보유 법인)에 대해서는 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 정하도록 규정하고 있다.

나) 원고들의 확정신고가 존재하지 아니하여 추계조사에 의해 결정될 이 사건 2차주식의 양도가액에 대하여 3개월 이내의 매매사례가액과 감정가액 및 구 소득세법 시행령 제176조의2 제2항에 의하여 환산한 취득가액의 방법으로 평가할 수 없는 사실, 비상장법인인 소외 2 회사는 그 자산총액 중 부동산 가액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상으로 구 소득세법 시행령 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 부동산 과다 보유 법인에 해당하는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 달리 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제3호에서 정하는 사유에 해당한다는 아무런 주장ㆍ입증도 없으므로, 이 사건 2차주식의 양도가액은 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 단서에 따라 순손익가치와 순자산가치를 각각 2와 3의 비율로 가중평균하되, 그 순자산가치는 같은 항 제1호 나목에 따라 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액을 기준으로 평가하는 것이 타당하다.

따라서 막연하게 원고들 주장의 법적 근거를 찾을 수 없다는 이유만으로 별다른 근거도 없이 상증세법 시행령 제54조 제1항, 제2항에 따라 이 사건 2차주식의 양도가액을 평가한 피고들의 이 사건 처분은 위법하다.

5) 정당 세액의 계산

앞서 본 대로 이 사건 1차거래에 대하여 무신고로 보아 7년의 부과제척기간을 적용함이 위법하므로, 결국 해당 양도소득세 신고기한일로부터 5년이 경과한 2017. 5. 12.의 시점에 이루어진 이 사건 처분에서는 이 사건 1차주식의 양도차익은 과세가액에서 제외하여 양도소득세를 산정하여야 한다.

한편 이 사건 2차주식의 순손익가치는 0원이고, 그 순자산가치를 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액을 기준으로 평가하면 1주당 1,999원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이를 2와 3의 비율로 가중평균한 1,199원(원 미만 버림)이 이 사건 2차주식 양도가액의 기준시가가 된다.

따라서 위와 같은 사정을 감안하여 계산한 원고들의 각 2009년 양도소득세 부과처분 중 정당세액은 [별지 1] 목록 ‘정당세액’란 기재 금액과 같으므로(피고들의 2020. 6. 17.자 참고서면 참조), 이 사건 처분 중 위 각 금액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 2 관계 법령 생략]

판사 박양준(재판장) 김병주 추진석