부당이득금[통고처분에 선행한 조세범칙조사에 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 하자가 존재하는 경우 통고처분 벌금 상당액 및 과세전적부심사의 기회를 보장하지 않은 소득금액변동통지에 따른 원천징수세액에 대한 부당이득반환을 구하는 사건]

【원고, 피상고인】 주식회사 ○○○바이오 외 1인 (소송대리인 법무법인 평안 담당변호사 권형기 외 5인)

【피고, 상고인】 대한민국 외 1인 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 김경미 외 2인)

【원심판결】 서울고법 2025. 1. 23. 선고 2024나2029978 판결

【주 문】

상고를 모두 기각한다. 상고비용은 피고들이 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.

1. 사안의 개요

원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

가. 원고 주식회사 ○○○바이오는 2018. 4. 9. 식품 및 건강기능식품 수입과 판매업 등을 목적으로 설립된 회사이고, 주식회사 △△△는 2002. 4. 24. 건강보조식품 수입 및 도ㆍ소매업 등을 목적으로 설립된 회사로서 2020. 12. 31. 원고 주식회사 ○○○바이오에 흡수합병되어 해산하였다(이하 원고 주식회사 ○○○바이오와 주식회사 △△△를 특별히 구별하여 지칭하는 때를 제외하고는 모두 ‘원고 회사’라 한다).

원고 2는 2011. 9. 23.부터 주식회사 △△△가 원고 주식회사 ○○○바이오에 흡수합병될 때까지 주식회사 △△△의 사내이사였고, 2020. 12. 31.부터는 원고 주식회사 ○○○바이오의 공동대표이사로 근무하였다.

나. 부산지방국세청장은 2014. 10. 8.부터 같은 해 11. 21.까지 원고 회사에 대하여 2011년부터 2013년까지의 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하였고, 이후 그에 따른 과세처분이 이루어졌다.

다. 부산지방국세청장은 2018. 1. 3.부터 같은 해 2. 21.까지 원고 회사에 대하여 2014년부터 2016년까지의 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하였다. 부산지방국세청장은 2018. 1. 30. 위 법인세 통합조사를 조세범칙조사로 전환하고, 조사기간을 같은 해 3. 23.까지로 연장하였으며, 조사대상도 ‘2010년부터 2016년까지의 사업연도에 대한 법인세’로 확대하였다.

라. 부산지방국세청장은 2018. 5. 28. 원고 회사에 세무조사 결과(이하 ‘이 사건 세무조사 결과’라 한다)를 통지함과 동시에, 원고 회사와 원고 2에게 각각 2013년부터 2016년까지의 조세범칙행위와 관련하여 포탈세액 등을 기초로 벌금 상당액을 산정하여 301,458,450원에 대한 조세범칙 통고처분(이하 ‘이 사건 통고처분’이라 한다)을 하였다. 원고 회사와 원고 2는 2018. 6. 8. 각자에게 통고처분된 벌금 상당액 전액을 납부하였다.

마. 서부산세무서장은 2018. 6. 1. 이 사건 세무조사 결과를 기초로 원고 회사에 대하여 2010년부터 2016년까지의 각 사업연도 법인세 및 2010년 제1기분부터 2016년 제1기분까지의 부가가치세를 경정ㆍ고지하고, 2010년부터 2016년까지의 각 사업연도 귀속 소득금액변동통지를 하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 원처분’이라 한다).

바. 원고 회사는 2018. 8. 30. 조세심판원에 이 사건 원처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2019. 7. 15. ‘이 사건 원처분 중 2011년부터 2013년까지의 각 사업연도 법인세 합계 446,653,490원, 2011년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세 합계 588,177,630원의 부과처분 및 대표자 상여처분에 따른 2011년부터 2013년까지의 각 사업연도 귀속 합계 2,001,562,830원의 소득금액변동통지에 대하여 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 절차상 하자가 있으므로 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.’는 취지의 결정을 하였다.

사. 원고 회사는 2019. 10. 8. 이 사건 원처분 중 위와 같이 취소되고 남은 나머지 처분 중 2010년 사업연도 법인세 395,442,720원, 2010년 제1기 부가가치세 177,772,380원, 2010년 제2기 부가가치세 182,445,310원(각 가산세 포함)의 부과처분 및 2010년 사업연도 귀속 총 1,361,159,608원의 소득금액변동통지의 취소를 구하는 소를 제기하였다. 제1심법원은 2020. 6. 12. 원고 회사의 청구를 기각하였으나(부산지방법원 2019구합24092호), 항소심법원은 해당 처분이 원고 회사의 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 것으로서 원고 회사의 절차적 권리를 침해한 중대ㆍ명백한 하자가 있어 무효라고 보아 2021. 4. 9. 원고 회사의 청구를 인용하였고(부산고등법원 2020누21548호), 이는 상고심에서 그대로 확정되었다(대법원 2021두37748호).

아. 한편 원고 회사는 2018. 7. 10. 원고 2 등에 대한 소득금액변동통지에 따른 원천징수의무자로서 원천납세의무자들의 2014년부터 2016년까지의 원천징수세 귀속분 합계 355,367,250원(= 근로소득세 323,061,150원 + 지방소득세 32,306,100원, 이하 ‘이 사건 원천징수세액’이라 한다)을 납부하였다.

자. 이 사건에서 원고들은 피고 대한민국에 이 사건 통고처분에 따라 납부한 벌금 상당액 합계 602,916,900원(= 301,458,450원 × 2) 중 2013년 조세범칙행위에 상응하는 벌금 상당액 합계 315,951,005원에 대해 조세범칙조사가 중복세무조사금지의 원칙을 위반하였다는 점 등을 이유로 부당이득반환을 구하고 있고, 원고 회사는 이 사건 원천징수세액 합계 355,367,250원에 대해서도 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 절차상 하자를 이유로 피고들에게 각각 해당 액수의 부당이득반환을 구하고 있다.

2. 원고들이 이 사건 통고처분에 따라 납부한 벌금 상당액 중 2013년 조세범칙행위에 상응하는 벌금 상당액 부분이 부당이득에 해당하는지(피고 대한민국의 제1, 2, 3, 4, 5 상고이유)

가. 관련 규정 및 법리

1) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4는 제1항에서 "세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다."라고 규정하고, 제2항에서 "세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다."라고 규정하면서 재조사가 허용되는 경우를 열거된 각 호의 사유로 엄격히 제한하고 있다. 이와 같이 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 경우 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 원칙적으로 금지되고, 나아가 이러한 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보아야 한다. 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하고, 이는 과세관청이 그러한 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다(대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 판결 참조).

2) 구 「조세범 처벌절차법」(2018. 12. 31. 법률 제16108호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제2조에서 ‘조세범칙행위’를 ‘ 「조세범 처벌법」 제3조부터 제14조까지의 죄에 해당하는 위반행위’(제1호)로, ‘조세범칙사건’을 ‘조세범칙행위의 혐의가 있는 사건’(제2호)으로, ‘조세범칙조사’를 ‘세무공무원이 조세범칙행위 등을 확정하기 위하여 조세범칙사건에 대하여 행하는 조사활동’(제3호)으로 각각 규정하는 한편, 제7조 제1항 각 호에서 지방국세청장 또는 세무서장은 조세범칙행위의 혐의가 있는 자를 처벌하기 위하여 증거수집 등이 필요한 경우 등에는 조세범칙조사를 실시하여야 한다고 규정하고 있다. 이러한 조세범칙조사의 법적 성질은 기본적으로 행정절차에 해당한다(대법원 2023. 1. 12. 선고 2021도9670 판결 참조).

한편 구 「조세범 처벌절차법」 제13조 제1호는 조세범칙사건에 대한 처분 중 하나로 통고처분을 들고 있고, 이에 관하여 제15조 제1항 각 호 및 제4항은 지방국세청장 또는 세무서장은 조세범칙행위의 확증을 얻었을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 대상이 되는 자에게 그 이유를 구체적으로 밝히고 대통령령으로 정하는 부과기준에 따른 벌금 상당액 등을 납부할 것을 통고하여야 한다고 규정하고 있다. 이와 같이 조세범칙행위자에 대하여 지방국세청장 또는 세무서장이 행하는 통고처분은 법원에 의하여 자유형 또는 재산형에 처하는 형사절차를 갈음하여 과세관청이 조세범칙행위자에 대하여 금전적 제재를 통고하고 이를 이행한 조세범칙행위자에 대하여는 고발하지 아니하고 조세범칙사건을 신속ㆍ간이하게 처리하는 절차로서 형사사건의 사전절차로서의 성격을 지닌다(대법원 2016. 9. 28. 선고 2014도10748 판결 참조).

3) 구 국세기본법 제81조의2 제2항 제1호는, 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 것을 ‘세무조사’로 칭하면서, ‘세무조사’에 「조세범 처벌절차법」 에 따른 조세범칙조사가 포함되는 것으로 규정하고 있다. 여기에 위법한 세무조사를 금지하고 세무조사권의 남용을 방지하고자 하는 구 국세기본법 제81조의4의 취지, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수되어야 하며, 조세범칙조사는 납세자에 대한 불이익의 측면에서 일반 행정절차에 비해 적법절차의 원칙이 더욱 엄격하게 관철될 필요성이 있다는 점까지 덧붙여 고려하면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항이 정한 중복세무조사금지의 원칙은 「조세범 처벌절차법」 에 따른 조세범칙조사에 대해서도 마땅히 적용된다고 보아야 한다. 따라서 조세범칙조사가 중복세무조사금지의 원칙을 위반하는 경우, 이러한 중대한 절차적 하자는 그에 따른 통고처분에까지 곧바로 그 영향이 미친다고 볼 수밖에 없다. 통고처분에 선행한 조세범칙조사에 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 하자가 존재하는 경우 해당 통고처분에는 ‘조세범칙행위의 확증’의 필수적 전제가 되는 절차적 적법성이 구비된 것으로 볼 수 없어 그 효력이 부정된다고 봄이 타당하다.

4) 「 조세범 처벌법」 제3조 제1항에서 규정한 조세포탈죄는 납세의무자가 국가에 대하여 지고 있는 것으로 인정되는 일정액의 조세채무를 포탈한 것을 범죄로 보아 형벌을 과하는 것으로서, 조세포탈죄가 성립하기 위하여는 조세법률주의에 따라 세법이 정한 과세요건이 충족되어 조세채권이 성립하여야만 되는 것이므로, 세법이 납세의무자로 하여금 납세의무를 지도록 정한 과세요건이 구비되지 않는 한 조세채무가 성립하지 않음은 물론 조세포탈죄도 성립할 여지가 없고, 이는 조세포탈로 공소제기된 처분사유가 아닌 다른 사유로 과세관청이 당초 부과처분을 취소한 경우에도 마찬가지이다(대법원 1989. 9. 29. 선고 89도1356 판결, 대법원 2005. 6. 10. 선고 2003도5631 판결, 대법원 2020. 12. 30. 선고 2018도14753 판결 등 참조). 또한 과세관청이 조세심판원의 결정에 따라 당초 부과처분을 취소한 경우 그 부과처분은 처분 시에 소급하여 효력을 잃고 원칙적으로 그 납세의무도 없어져, 조세포탈죄에 대한 형사소송법 제420조 제5호에서 정한 재심사유에 해당하게 된다(대법원 1985. 10. 22. 선고 83도2933 판결, 대법원 2015. 10. 29. 선고 2013도14716 판결 등 참조). 그런데 「조세범 처벌절차법」 에 따른 통고처분은 공정력을 가진 행정처분이 아니어서 이를 대상으로 행정쟁송 등을 통해 적극적ㆍ능동적으로 불복할 수 있는 방법이 별도로 마련되어 있지 아니하고(구 국세기본법 제55조 제1항 단서 제1호), 통고처분에 형사소송법상 재심사유가 존재하는 것으로 밝혀지더라도 그 통고처분은 재심대상으로 삼을 수 없다(대법원 2016. 3. 11. 자 2016모203 결정, 대법원 2018. 5. 30. 자 2018모152 결정 등 참조).

조세범칙조사 과정에서 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 중대한 절차적 하자가 존재함에도 그에 따른 통고처분에 기하여 조세범칙행위자로 하여금 벌금 상당액을 납부하도록 한 경우 이에 대한 어떠한 불복 방법도 허용하지 않고 그와 같이 형성된 법률관계를 그대로 완결시키는 것은 현저히 부당하고, 조세채무 또는 납세의무가 부존재하는 경우, 만일 조세범칙행위자가 통고처분에 따른 벌금 상당액을 임의로 납부한 것이 아니라 정식의 불복절차를 거쳐 확정된 유죄판결에 따라 납부한 것이었다면 형사소송법상 재심절차에 의해 그 권리구제를 받을 가능성이 있다는 점과의 균형을 고려할 때 더욱 그러하다. 이러한 사정들을 고려하면 이 경우 기납부된 해당 벌금 상당액은 소급하여 법률상 원인을 흠결한 것이 되어 부당이득에 해당한다고 보아야 한다.

5) 위와 같이 조세범칙행위자가 통고처분을 이행하기 위해 납부한 벌금 상당액이 부당이득에 해당할 경우, 납부자는 권리구제를 위해 국가를 상대로 부당이득반환을 구하는 민사상 소를 제기할 수 있고, 이 경우 민사법원은 선결문제로서 통고처분의 효력 여부를 판단할 수 있다.

나. 판단

원심은, 「조세범 처벌절차법」 에 따라 조세범칙행위자에 대하여 지방국세청장 또는 세무서장이 행하는 통고처분은 행정소송의 대상이 아니고 그 공정력이 인정되지 않아 행정행위의 무효 여부, 즉 하자가 중대ㆍ명백한지를 살펴볼 필요도 없다는 전제하에 행정쟁송절차에서 부과처분이 위법한 행정조사에 기한 것으로 밝혀져 실효되는 경우 실효된 부과처분에 상응하는 통고처분의 벌금 상당액만큼 부당이득반환청구가 허용되어야 하고, 절차적 적법성을 준수하지 않은 조세범칙조사에 기하여 통고처분이 이루어진 경우 조세범칙행위자가 일단 고발을 면하기 위하여 벌금 상당액을 납부하였을지라도 그 통고처분에 대하여 사후적으로 불복할 수 있는 법적 구제수단이 부여되어야 한다는 등의 판시와 같은 이유로, 위법한 중복세무조사에 기하여 이루어진 통고처분은 효력이 없고 그에 따라 피고 대한민국이 수령한 벌금 상당액은 부당이득으로서 반환되어야 한다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 규정 및 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이유 설시에 일부 부적절한 부분이 있으나, 원고들이 이 사건 통고처분에 따라 납부한 벌금 상당액 합계 602,916,900원(= 301,458,450원 × 2) 중 부당이득반환을 구하는 2013년 조세범칙행위 관련 벌금 상당액 합계 315,951,005원은 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 조세범칙조사로 인하여 납부된 것이었을 뿐 아니라, 조세심판원 결정으로 이미 취소된 부과처분에 상응하는 부분이 포함된 것이라는 이유로 원고들의 부당이득반환청구를 인용한 원심의 결론 자체는 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 통고처분의 하자 판단 기준, 과세처분의 절차적 하자가 조세포탈죄의 성립을 전제로 하는 통고처분의 효력에 미치는 영향, 조세범칙조사에 중복세무조사금지의 원칙이 적용되는지 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

3. 이 사건 원천징수세액이 부당이득에 해당하는지(피고 대한민국의 제6 상고이유 및 피고 부산광역시의 상고이유)

가. 관련 규정 및 법리

1) 구 국세기본법 제81조의15는 제1항 본문 및 제1호에서 ‘제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지(이하 ‘세무조사결과통지’라 한다)를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다.’고 규정하면서, 제2항 제2호에서 ‘ 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에는 제1항을 적용하지 않는다고 정하고 있다.

사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 구 국세기본법 등이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐 아니라 과세전적부심사결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 등 참조).

2) 한편 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되어 2017. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제67조는 과세관청이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정을 하면서 익금에 산입한 금액을 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득처분을 하도록 정하고, 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호 단서는 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보아 상여로 처분하도록 정하고 있다.

3) 앞서 본 관련 규정의 문언과 체계, 입법 취지 등에 비추어 보면, 과세관청의 익금산입 등에 따른 법인세 부과처분과 그 익금 등의 소득처분에 따른 소득금액변동통지는 각각 별개의 처분이므로, 과세관청이 법인에 대하여 세무조사결과통지를 하면서 익금누락 등으로 인한 법인세 포탈에 관하여 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분을 하였더라도, 이는 포탈한 법인세에 대하여 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호의 ‘ 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에 해당할 뿐이지, 소득처분에 따른 소득금액변동통지와 관련된 조세포탈에 대해서까지 과세전적부심사의 예외사유인 ‘고발 또는 통고처분’을 한 것으로 볼 수는 없다. 따라서 이러한 경우 과세전적부심사를 거치기 전이라도 소득금액변동통지를 할 수 있는 다른 예외사유가 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청은 소득금액변동통지를 하기 전에 납세자인 해당 법인에 과세전적부심사의 기회를 부여하여야 한다. 이와 같은 특별한 사정이 없음에도 세무조사결과통지가 있은 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 소득금액변동통지는 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 봄이 타당하다(대법원 2020. 10. 29. 선고 2017두51174 판결 등 참조).

나. 판단

원심은, 원고 회사가 부당이득반환을 구하는 이 사건 원천징수세액은 2014년~2016년 귀속 소득금액변동통지에 기하여 납부한 것으로서, 위 2014년~2016년 귀속 소득금액변동통지는 이 사건 세무조사결과통지가 있은 뒤 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어졌는바, 과세전적부심사를 거치지 않고 원고 회사에 곧바로 소득금액변동통지를 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 소득금액변동통지를 할 수 있는 예외사유에도 해당하지 않아 위와 같이 과세전적부심사 청구 등이 있기 이전에 소득금액변동통지가 이루어진 절차상 하자는 중대ㆍ명백하여 무효라고 봄이 타당하다고 판단하고, 나아가 위 대법원 2017두51174 판결이 선고되기 전까지는 해당 법리가 명백하지 않아 해석에 다툼의 여지가 있었다는 피고들의 주장 역시 위와 같은 과세권의 행사는 법문에 규정된 과세전적부심사 제도를 형해화시키고 납세자의 절차적 권리를 침해한다는 점 등을 근거로 배척하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 관련 규정 및 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 과세처분의 당연무효에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

4. 결론

상고를 모두 기각하고 상고비용은 패소자들이 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 이숙연(재판장) 이흥구 오석준(주심) 노경필