경정거부처분취소의소[구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제16조의4 제1항을 적용받기 위해 같은 법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것) 제14조의4 제2항, 제3항에서 정한 절차가 법정기한 내에 이행되어야 하는지가 문제 된 사건]

【원고, 상고인】 원고 1 외 6인 (소송대리인 법무법인(유한) 광장 담당변호사 마옥현 외 4인)

【피고, 피상고인】 분당세무서장 외 6인

【원심판결】 서울고법 2025. 8. 21. 선고 2024누48017 판결

【주 문】

상고를 모두 기각한다. 상고비용은 원고들이 부담한다.

【이 유】 상고이유를 판단한다.

1. 사안의 개요

원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 따르면, 다음 사실을 알 수 있다.

가. 원고들은 구 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」(2020. 2. 11. 법률 제16997호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항에서 정한 벤처기업인 주식회사 ○○○(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)의 임직원이다.

나. 원고들은 2017. 1. 6. 이 사건 회사로부터 주식매수선택권(행사가액 주당 5,400원, 행사기간 2020. 1. 6.부터 2025. 1. 5.까지, 이하 ‘이 사건 주식매수선택권’이라 한다)을 받아 보유하고 있다가, 2020. 4. 8. 이 사건 주식매수선택권을 모두 행사하여 총 508,950,000원(= 무상증자로 조정된 행사가액 주당 1,350원 × 총 377,000주)을 납입하고 이 사건 회사의 주식 377,000주를 인수하였다.

다. 원고들은 2021. 5. 31. 이 사건 주식매수선택권의 행사에 따른 행사이익을 소득에 포함하여, 피고들에게 2020년 귀속 종합소득세를 신고ㆍ납부하였다.

라. 원고들은 2021. 7.경 이 사건 주식매수선택권의 행사에 따른 행사이익이 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조의4 제1항에서 정한 소득세 비과세 특례 대상이라고 주장하면서 피고들을 상대로 위 행사이익에 대하여 기존에 신고ㆍ납부한 종합소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

마. 피고들은 원고들이 구 조세특례제한법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조의4 제2항, 제3항에서 정한 절차를 거치지 아니하였다는 이유로 2021. 8. 20.부터 같은 해 9. 23.까지 원고들의 경정청구를 모두 기각하는 결정을 하였다.

2. 관련 규정 및 법리

가. 구 조세특례제한법 제16조의4 제1항은, 벤처기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 ‘벤처기업 임직원’이라 한다)가 2021. 12. 31. 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 그 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 ‘적격주식매수선택권’이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임직원이 같은 조 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 소득세법 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사 시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다고 규정하고, 제2항은 적격주식매수선택권 행사 시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식을 양도하여 발생하는 양도소득에 대해서는 소득세법 제94조 제1항 제3호 각 목에도 불구하고 주식 등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세하도록 규정하고 있다.

위와 같은 특례 신청, 운영절차 및 그 밖에 필요한 사항을 위임한 구 조세특례제한법 제16조의4 제8항에 따라 구 조세특례제한법 시행령 제14조의4는, 구 조세특례제한법 제16조의4 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조 제1항에 따른 금융투자업자를 통하여 기획재정부령으로 정하는 계좌(이하 ‘주식매수선택권 전용계좌’라 한다)를 개설하고, 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 ‘특례적용신청서’라 한다)에 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌 개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하여야 하고(제2항), 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서(이하 ‘주식매수선택권 행사주식지급명세서’라 한다)와 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 ‘특례적용대상명세서’라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다(제3항).

주식매수선택권은 그 행사 여부가 전적으로 이를 부여받은 임직원의 선택에 맡겨져 있어 단순히 주식매수선택권의 부여 자체만으로는 어떠한 소득이 발생되었다고 볼 수 없고 주식매수선택권을 행사하여 주식을 취득할 때에 비로소 해당 주식의 시가와 주식매수선택권 행사가액의 차액에 상당하는 경제적 이익이 확정 내지 현실화된다. 위 규정들은 이러한 특성을 고려하여 납세자가 적격주식매수선택권을 행사하여 주식을 취득하는 단계에서 주식매수선택권 행사이익에 대해 근로소득 또는 기타소득으로서 종합소득세를 납부할 것인지, 아니면 주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식을 양도하는 단계에서 양도가액에서 적격주식매수선택권 행사 당시의 실제 매수가액을 공제한 차액만큼 양도소득세를 납부할 것인지를 소정의 방식 및 절차에 따라 선택할 수 있게 하고, 그 선택 여하에 따라 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세 시점을 해당 납세자가 취득된 주식을 처분함으로써 현금화된 이익을 얻는 시점으로 이연할 수 있도록 과세특례를 정한 것이다. 이는 만일 주식매수선택권을 행사하는 단계에서 일률적으로 과세할 경우, 납세자 입장에서 현금유동성의 부족 등으로 소득세 납부를 위한 자금 부담이 상당하게 될 수 있을 뿐 아니라, 주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 가액이 나중에 행사가액보다 하락할 경우 손실이 발생할 수 있어 미실현이익에 과세한다는 논란을 불식시키고 벤처기업의 우수한 전문인력 유치를 활성화하기 위한 취지에 따른 것이다.

나. 위와 같은 관련 규정의 문언과 체계 및 취지 등을 종합하면, 구 조세특례제한법 시행령 제14조의4 제2항 및 제3항(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)이 정한 방식 및 절차를 이행하는 것은, 구 조세특례제한법 제16조의4 제1항 및 제2항(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다)에 따라 적격주식매수선택권에 대하여 주식매수선택권 행사 시 소득세가 과세되지 않기 위한 필수적 요건에 해당한다고 봄이 타당하다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조).

2) 앞서 본 바와 같이 구 조세특례제한법 제16조의4 제1항은 벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 행사이익에 대하여 같은 조 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청할 것을 조건으로 주식매수선택권 행사 시에 소득세를 과세하지 않을 수 있도록 규정하고 있다. 그 위임에 따라 이 사건 규정 중 제2항은 벤처기업 임직원이 주식매수선택권 행사일 전일까지 주식매수선택권 전용계좌를 개설하고 특례적용신청서 등을 제출할 의무에 대해, 이 사건 규정 중 제3항은 해당 벤처기업 임직원으로부터 특례적용신청서를 받은 벤처기업으로 하여금 주식매수선택권 전용계좌로 주식을 입고하도록 하고 주식매수선택권 행사주식지급명세서 및 특례적용대상명세서를 주식매수선택권이 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 과세관청에 제출할 의무에 대해 각기 규정하고 있다.

이와 같이 이 사건 규정에서 정한 기한 내에 해당 절차를 이행하는 것이 이 사건 특례조항을 적용받기 위한 전제라는 점은 위 규정들의 문언 자체로부터 쉽게 도출 가능하다. 이 사건 규정 중 제2항은 주식매수선택권 전용계좌 개설을 통하여 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 거래와 일반 주식거래 간의 명확한 구별이 이 사건 특례조항을 적용받기 위해 필수적이라는 점을 보여주고, 제3항은 벤처기업으로 하여금 벤처기업 자신 및 그 임직원에 관한 조세법률관계를 조기에 과세관청에 알려 이를 확정시키기 위한 취지라고 볼 수 있기 때문이다.

3) 아울러 이 사건 규정이 모법이 정한 과세특례를 적용받기 위한 방식 및 절차를 별도로 규정하고 있는 것은, 과세특례의 적용 여하에 따라 벤처기업 임직원뿐만 아니라 벤처기업의 세부담이 현격히 달라지는 점을 고려하여, 주식매수선택권 행사일을 기준으로 벤처기업 임직원 및 벤처기업에 대하여 향후 과세가 이루어지는 방식이 일의적으로 분명하게 정해질 수 있도록 하여 궁극적으로 법적 안정성을 도모하고 과세의 공평을 기하려는 데 그 취지가 있다.

구체적으로 벤처기업 임직원이 주식매수선택권을 행사하면 벤처기업은 원칙적으로 그 시점에 주식보상비용을 손금에 산입할 수 있지만[구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제19호의2], 벤처기업 임직원이 이 사건 특례조항에 의한 과세특례를 적용받기를 신청하여 주식매수선택권 행사 시에 근로소득 또는 기타소득으로 과세되지 아니하고 주식매수선택권의 행사로 취득한 주식을 양도할 때 양도소득으로 과세되는 것을 선택할 경우, 벤처기업으로서는 구 조세특례제한법 제16조의4 제4항 및 구 조세특례제한법 시행령 제14조의4 제7항에 따라 해당 주식보상비용을 손금에 산입할 수 없는바, 이와 같이 이 사건 특례조항의 적용 여하에 따라 벤처기업의 법인세 부담은 연동하여 달라지게 된다.

그럼에도 이 사건 규정이 단지 요식적인 사항이나 협력의무에 관한 것에 불과하다고 보아, 벤처기업 임직원이 당초에 이 사건 규정에 따른 이행을 하지 않았는데도 이 사건 특례조항을 적용받을 수 있다고 보게 되면, 해당 벤처기업이 주식보상비용을 이미 손금에 산입하여 법인세를 납부하였는데도 자신과 별개인 벤처기업 임직원이 이 사건 특례조항이 적용되어야 한다는 입장을 나중에 취하는지에 따라 주식보상비용을 손금에 불산입하는 것으로 되돌려 법인세 등의 부담을 추가로 지게 될 수도 있는 법적으로 불안정한 지위에 놓이게 된다. 이는 근본적으로 이 사건 특례조항이 부여하는 과세상 혜택이 실질적으로 ‘과세이연’에 해당하고 주식매수선택권이 행사되는 시점의 조세부담이 ‘개인’인 벤처기업 임직원에서 ‘법인’인 벤처기업으로 전가되는 속성을 지님에 기인하는 것으로, 위와 같이 벤처기업을 법적으로 불안정한 상태에 놓이게 하는 것은 벤처기업의 경제적 상황을 악화시킬 우려가 있어 벤처기업의 활성화를 근본 목적으로 하는 이 사건 특례조항의 취지에 부합하지 아니한다.

3. 판단

원심은, 원고들이 이 사건 주식매수선택권 행사일 전일까지 주식매수선택권 전용계좌를 개설하고 특례적용신청서에 주식매수선택권 전용계좌 개설확인서를 첨부하여 이 사건 회사에 제출하지 아니한 사실을 인정한 다음, 이 사건 규정을 준수하는 것은 이 사건 특례조항을 적용받기 위한 필수적 요건에 해당하므로, 이 사건 규정에서 정한 기한 내에 그 절차가 이행되지 아니한 이상 주식매수선택권 행사이익은 이 사건 특례조항이 정한 특례 대상으로 볼 수 없고, 나아가 피고들이 원심 판시 거래가액을 구 법인세법 시행령 제89조에서 정한 ‘시가’에 해당한다고 본 것 역시 적법하다고 판단하였다.

원심판결 이유를 위와 같은 관련 규정 및 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 이 사건 특례조항 및 이 사건 규정 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니한 잘못이 없다. 원고들이 상고이유에서 들고 있는 대법원 1997. 10. 24. 선고 97누10628 판결 및 대법원 2003. 5. 16. 선고 2001두3006 판결 등은 이 사건과 사안을 달리하여 원용하기에 적절하지 않다.

4. 결론

상고를 모두 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 노경필(재판장) 이흥구(주심) 오석준 이숙연