이미 개발·조성이 완료된 산업단지에 한국산업단지공단이 관리기관의 지위에서 건물을 신축하는 경우 취득세와 등록세의 면제 대상인지와 자진납부행위가 당연무효인지

【심급】

3심

【세목】

취득세

【주문】

상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이유】

상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

지방세법 제276조 제3항(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)은 " 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자가 산업단지를 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득( 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제41조의 규정에 의한 환매권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 규정에 의한 한국산업단지공단의 경우에는 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제45조의7 제1항 제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다"고 규정하고 있고, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(이하 ‘산업집적법’이라 한다) 제45조의7 제1항은 원고(한국산업단지공단)가 수행하는 사업의 하나로 제3호에서 ‘공장·아파트형공장 및 지원시설·산업집적기반시설의 설치·운영 및 분양·임대 및 매각에 관한 사업’을, 제5호에서 ‘입주기업체 근로자의 후생복지·교육사업 및 주택건설사업’을 각 규정하고 있다.

여기에서, 이 사건 규정은 원고의 산업집적법 제45조의7 제1항 제3호 및 제5호에 정한 사업용 부동산에 대하여 본문이 아닌 괄호로 규정하고 있는데, 만약 위 제3호 및 제5호의 사업용 부동산에 대하여도 사업시행자로서 산업단지를 개발·조성하는 단계에서 취득하는 부동산이라는 요건을 요구한다면 이는 본문에 의하여 당연히 지방세 감면 대상이 되므로 괄호로 특별히 규정할 필요가 없는 점, 산업집적법 제45조의7 제1항은 원고의 사업으로서 제1호의 ‘산업단지의 관리’와 제2호의 ‘산업단지의 개발·조성·분양·임대 및 매각에 관한 사업’과 함께 병렬적으로 제3호 및 제5호의 사업을 규정하고 있으므로, 제3호 및 제5호의 사업은 산업단지의 관리 또는 개발·조성 단계인지 여부를 묻지 않는 사업으로 보아야 할 것인 점과 이 사건 규정의 입법연혁 및 취지 등을 종합하면, 원고의 경우에는 사업시행자로서 산업단지 개발·조성 단계에서 취득한 것인지 여부와 상관없이 제3호 및 제5호의 사업용 부동산에 대하여 면세된다고 해석함이 상당하다.

그럼에도 불구하고, 원심이 그 판시와 같은 이유만으로 이미 개발·조성이 완료된 산업단지에 원고가 관리기관의 지위에서 건물을 신축하는 경우는 이 사건 규정에 따른 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하지 않는다고 본 것은 잘못이다.

그러나 한편 원심은, 설령 이 사건 규정에 따라 원고가 관리기관의 지위에서 지원사업 내지 후생복지사업을 수행하기 위하여 건물을 신축한 경우에도 취득세와 등록세가 면제된다고 볼 수 있다고 하더라도, 그 법률해석이 일의적으로 명확하다고 볼 수 없고, 나아가 이 사건 오피스텔은 주로 사실상 주거로 사용될 것이 예상되는 388개의 업무시설과 제1, 2종 근린생활시설인 13개의 상점으로 구성되어 있는데, 이러한 오피스텔과 근린생활시설의 용도가 명확히 확인되지 아니한 상태에서 그 전부가 관계 법령에서 정한 지원사업이나 그 밖의 산업단지 내 입주기업체의 근로자들을 위한 후생복지사업에 제공된다고 단정하기 어려운 점 등을 고려할 때, 원고가 이 사건 산업단지 내에 오피스텔을 신축한 후 그에 대한 취득세와 등록세를 자진납부한 행위를 가리켜 그 하자가 중대하고 객관적으로 명백하여 당연무효로 보기 어렵다고 판단하고 이를 전제로 한 원고의 청구를 배척하였다.

기록에 비추어 보면, 위와 같은 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 하자의 중대·명백성 여부에 관한 법리오해의 위법이 없다.

따라서 원심판결은 그 설시에 다소 미흡한 점이 있으나 원고의 청구를 배척한 결론은 정당하므로, 판결 결과에 영향을 미친 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2008. 9. 23. 선고 2008나39009 판결】

【주문】 처분청승소

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 기초사실

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유 해당 부분의 기재와 같으므로,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 관련 법령

별지 기재와 같다.

3. 당사자들의 주장

가. 원고는, 이 사건 오피스텔은 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자가 산업단지를 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 부동산으로서, 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제45조의7 제1항 제3호에서 규정하고 있는 지원시설에 관한 사업용 부동산이므로, 지방세법 제276조 제3항에 의하여 취득세 및 등록세가 면제되는 경우임에도 불구하고, 자진신고납부 해태에 따른 가산금 부과를 피하고 신속히 소유권이전등기를 마치기 위하여 이 사건 신고납부행위를 하였으나, 이는 그 하자가 중대할 뿐만 아니라 객관적으로도 명백하여 당연무효인 경우에 해당하기 때문에, 피고는 아무런 법률상 원인 없이 취득세 및 등록세 상당의 이득을 얻고 이로 인하여 원고에게 동액 상당의 손해를 가하였다고 할 것이므로, 피고는 원고에게 부당이득한 취득세 및 등록세 합계 483,812,320원을 반환할 의무가 있다고 주장한다.

나. 이에 대하여 피고는, ① 이 사건 오피스텔은 원고가 서울디지털산업단지를 직접 개발·조성하는 과정에서 취득한 부동산이 아니라, 서울디지털산업단지의 관리차원에서 건축한 부동산에 불과하고, ② 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제45조의7 제1항 제3호에서 규정하고 있는 지원시설은 동 법 제28조의5 제1항 제3호에서 규정하고 있는 아파트형공장에 대한 지원시설에 한정되는데, 이 사건 오피스텔은 아파트형공장에 대한 지원시설이 아니므로 여기에 해당하지 아니하며, ③ 설령 이 사건 오피스텔을 피고의 해석과 달리 취득세와 등록세의 면제대상으로 보더라도「지방세법」제72조제1항이 1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되어 신고납부에 대한 행정쟁송이 가능하게 된 사정 등을 감안할 때 이러한 법률해석의 오류만으로 위 신고납부를 당연무효라고 할 만큼 그 하자가 중대명백하다고 볼 수는 없다고 주장한다.

4. 판 단

가. 이 사건 오피스텔이 지방세법 제276조 제3항에 따른 면세대상에 해당하는지

(1) 지방세법 제276조 제3항은, " 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자가 산업단지를 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산을 취득세와 등록세의 면제대상으로 정하면서,「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 규정에 의하여 설립된 원고의 경우에는 위 면세 대상 부동산에 같은 법 제45조의7 제1항 제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함시키고 있다.

이에 따라 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제45조의7 제1항을 보면, 위 조항은 원고 공단이 수행하는 사업의 하나로 제3호에서 "공장ㆍ아파트형공장 및 지원시설ㆍ산업집적기반시설의 설치ㆍ운영 및 분양ㆍ임대 및 매각에 관한 사업"을, 제5호에서 "입주기업체 근로자의 후생복지·교육사업 및 주택건설사업"을 각 규정하고 있는데, 위 제3호에서 말하는 "지원시설"이 무엇을 가리키는지에 관하여 위 법은 직접적인 정의규정을 두고 있지 않으나, 같은 법 제44조가 관리기관이 수행하는 사업의 하나로 입주기업체에 대한 지원사업을 규정하고 있고, 제45조의3 제1항에서 원고의 설립목적의 하나로 명시한 산업활동 지원을 위해 제45조의7 제1항 제4 내지 7호, 제9, 10호에서 이에 해당하는 사업을 나열한 점에 비추어, 위 지원시설에는 원고가 산업단지의 관리기관으로서 그가 수행할 지원사업(그 구체적 내용은 위 각 법률 조항과 함께 같은 법 시행령 제57조와 제58조의4의 각 호에서 찾아볼 수 있다)을 위하여 설치하는 시설이 포함된다고 봄이 타당하고, 나아가 같은 법 제2조 제12호에서 정한 지원기관이 그 사업에 사용하는 시설도 이에 포함된다고 할 것이므로 원고가 이러한 시설을 설치하여 지원기관에게 분양·임대·매각하는 경우에도 지방세법 제276조 제3항의 면세대상에 해당할 수 있다.

피고는 위와 달리 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제45조의7 제1항 제3호에서 말하는 지원시설이란 아파트형공장의 지원시설에 한정되는 것으로서 같은 법 제28조의5 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제36조의4 제2항 각 호에 따라 아파트형공장의 부대시설로 설치되는 시설만을 가리킨다고 주장하나, 이러한 해석은 위 제45조의7 제1항 제3호의 규정 형태와 입법 연혁에 비추어 받아들일 수 없고, 반면에, 지원시설구역 안에 설치가능한 모든 건축물이 위 제45조의7 제1항 제3호에서 말하는 지원시설에 해당한다는 원고의 주장도 조세법률주의의 원칙상 과세요건 사실이거나 비과세요건 사실이거나를 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하게 하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는 점에 비추어 받아들일 수 없다.

(2) 한편, 지방세법 제276조 제3항의 적용범위는 같은 조 제1항 및 제2항과의 관련지어 이해하여야 할 것인데, 위 각 조항의 내용을 살펴보면 제1항은 관련 법령에 따라 이미 조성된 산업단지 등 안에서 그에 입주하여 산업용 건축물등을 신축하거나 증축하려는 자에 대한 조세 감면의 특례를, 제2항은 산업단지 등의 개발·조성사업을 시행한 사업시행자가 그 산업단지 등의 조성 후에 스스로 산업용 건축물등을 신축하거나 증축하는 경우에 사업시행자에게 조세 감면의 특례를, 제3항은 사업시행자가 산업단지 등을 개발·조성하는 과정에서 취득하는 부동산에 대하여 조세 감면의 특례를 각각 정한 것임을 알 수 있다.

따라서 지방세법 제276조 제3항 중 괄호 부분("「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 규정에 의한 한국산업단지공단의 경우에는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제45조의7 제1항 제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다")도, 원고가 산업단지개발사업의 시행자의 지위에서 산업단지를 개발·조성하면서 이에 수반하여 자신이 장차 입주기업체에 대한 지원사업을 위하여 사용할 시설을 그 부지와 함께 취득하거나 지원기관에게 분양·임대·매각할 부동산을 취득한 경우에 이에 대한 취득세와 등록세를 면제한다는 뜻으로 해석함이 타당하고, 이 사건에서와 같이 이미 개발·조성이 완료된 산업단지에 관리기관의 지위에서 입주기업체 지원 및 근로자의 후생복지를 위하여 건축물을 신축하는 경우는 여기에 포함되지 않는다고 보아야 한다.

다만, 위 지방세법 제276조 제1항이 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되고 이에 따라 같은 날 지방세법시행령이 대통령령 제18669호로 개정되어 제224조의2 제4호가 신설되면서, 산업단지 등에 입주하는 입주기업체 뿐만 아니라 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제30조 제2항의 규정에 의한 관리기관도 이미 조성된 산업단지 안에 산업단지의 관리, 입주기업체 지원 및 근로자의 후생복지를 위하여 건축물을 설치하는 경우 이에 대하여 취득세와 등록세를 면제하도록 하여 원고의 이 사건 오피스텔 신축이 이에 해당할 여지가 있으나, 갑제3호증, 을제4호증의 각 기재와 변론의 전체 취지를 종합하면, 이 사건 오피스텔은 원고에게 의하여「지방세법」제107조및 법인세법 제3조 제2항 제1호에서 정한 수익사업의 하나인 임대사업에 제공될 것임을 인정할 수 있어, 위 지방세법시행령 제224조의2 제4호의 단서 규정에 따라 결국 취득세 및 등록세의 면제대상에서 제외된다.

(3) 따라서, 피고가 원고의 이 사건 오피스텔 신축이 지방세법 제276조에 따른 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하지 않는다고 본 것은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유가 없다.

나. 이 사건 신고납부행위가 당연무효인지(가정적 판단)

취득세 및 등록세는 신고납세방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고(과세관청은 납세의무자로부터 신고가 없는 경우에 한하여 비로소 부과처분에 의하여 이를 확정하게 되는 것이다), 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이며 국가나 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 납부된 세액이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적인 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 할 것이다( 대법원 1995. 2. 28. 선고 94다31419 판결 등 참조).

그러므로 살피건대, 앞서 본 대로 원고의 이 사건 오피스텔 신축은 지방세법 제276조 제3항에 따른 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 설령 지방세법 제276조 제3항 중 이 사건에서 문제된 괄호 부분이 반드시 산업단지 등의 개발·조성을 전제로 하지 않아, 원고가 관리기관의 지위에서 지원사업 내지 후생복지사업을 수행하기 위하여 건축물을 신축한 경우에도 위 조항에 따라 취득세와 등록세가 면제된다고 볼 여지가 있다고 하더라도, 그 법률해석이 원고가 주장하는 대로 일의적으로 명확하다고 볼 수 없고, 나아가 이 사건 오피스텔은 주로 사실상 주거로 사용될 것이 예상되는 388개의 업무시설과 제1, 2종 근린생활시설인 13개의 상점으로 구성되어 있는데, 이러한 오피스텔과 근린생활시설의 용도가 명확히 확인되지 아니한 상태에서 그 전부가 위에서 본 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제44조, 제45조의7 제1항, 같은 법 시행령 제57조와 제58조의4의 각 호에서 정한 지원사업이나 그 밖의 산업단지 내 입주기업체의 근로자들을 위한 후생복지사업에 제공된다고 단정 짓기 어려운 점,「지방세법」제72조제1항이 1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되어 취득세나 등록세의 신고납부행위를 처분으로 보게 됨으로써 행정쟁송을 통한 구제의 폭이 넓어진 만큼 과세요건의 해석 및 적용에 관한 행정청의 잘못을 당연무효 사유로 단정하는 데 신중할 필요가 있는 점 등을 감안할 때, 원고가 주장하는 이 사건 신고납부 및 소 제기에 이르기까지의 사정만으로 위 신고납부행위를 당연무효라고 보기는 어렵다.

5. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유가 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울중앙지방법원 2008. 3. 11. 선고 2007가합105735 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고는 원고에게 금 483,812,320원 및 이에 대하여 2007. 12. 11.부터 다 갚는 날까지 연 20%의 비율에 의한 금원을 지급하라.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

3. 제1항은 가집행할 수 있다.

【이유】

1. 기초사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3 내지 6호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제45조의 3에 따라 산업단지의 개발 및 관리와 기업체의 산업활동 지원을 목적으로 하여 설립된 법인으로서, 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조 제1항 제2호에 의하여 산업단지개발사업의 시행자로 되어 있다.

나. 구로 공업단지(현 서울디지털 산업단지) 중 제3단지는 1970. 1. 5. 건설부로부터 공업단지로 지정되어 원고의 전신인 한국수출산업공단에 의하여 개발ㆍ조성된 곳인데, 원고는 1976.경 위 단지 내 지원시설구역인 서울 금천구 가산동 (지번 생략)에 여성근로자를 위한 임대생활관을 건축하였고, 1990.경 위 생활관을 ○○아파트로 재건축하였으며, 2004.경 위 토지에 오피스텔을 신축하기 위한 건축허가를 받은 후, 2006. 12. 12. 지상 15층, 지하 1층 규모의 오피스텔 건물(이하 ‘이 사건 오피스텔’이라 한다)을 신축하여 사용승인을 받았고, 이 사건 오피스텔은 업무시설 388개 호와 상가(제1, 2종 근린생활시설) 12개 호로 이루어져 있다.

다. 원고는 이 사건 오피스텔에 대한 소유권보존등기를 마치기 전에, 피고로부터 취득세 및 등록세 징수사무를 위임받은 피고 산하 금천구청의 담당 공무원에게 이 사건 오피스텔이 취득세 및 등록세 면제 대상에 해당하는지 여부를 질의하였는데, 위 공무원으로부터 이 사건 오피스텔이 지방세법 제276조 제3항에서 규정하고 있는 면제 대상 부동산에 해당하지 아니한다는 답변을 들었다.

라. 원고는 2007. 1. 11. 취득세 등 자진신고 납부 해태에 따른 가산금 부과를 회피하고 이 사건 오피스텔에 관하여 신속히 소유권보존등기를 마치기 위해 피고 산하 금천구청에 취득세 345,580,230원 및 등록세 138,232,090원 합계 483,812,320원(=345,580,230원 + 138,232,090원)을 자진납부하였다(이하 ‘이 사건 신고납부행위’라 한다).

마. 원고는 곧이어 2007. 2. 21. 피고 시장에게 이 사건 오피스텔이 산업단지개발사업시행자가 산업단지를 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 부동산으로서, 산업입지 및 개발에 관한 법률 제45조의 7 제1항 제3호에 의한 사업용 부동산에 해당하므로, 지방세법 제276조 제3항에 따라 취득세 및 등록세를 면제받아야 한다는 취지의 이의신청을 하였으나, 기각결정을 받았고, 이에 불복하여 2007. 6.경 행정자치부장관에게 심사청구를 하였으나, 역시 기각결정을 받았다.

2. 관련법령

별지 기재와 같다.

3. 주장 및 판단

가. 주장

(1) 원고는, 이 사건 오피스텔은 ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자가 산업단지를 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 부동산으로서, ② 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제45조의 7 제1항 제3호에서 규정하고 있는 지원시설에 관한 사업용 부동산이므로, 지방세법 제276조 제3항에 의하여 취득세 및 등록세가 면제되는 경우임에도 불구하고, 자진신고납부 해태에 따른 가산금 부과를 피하고 신속히 소유권이전등기를 마치기 위하여 이 사건 신고납부행위를 하였으나, 이는 그 하자가 중대할 뿐만 아니라 객관적으로도 명백하여 당연무효인 경우에 해당하기 때문에, 피고는 아무런 법률상 원인 없이 취득세 및 등록세 상당의 이득을 얻고 이로 인하여 원고에게 동액 상당의 손해를 가하였다고 할 것이므로, 피고는 원고에게 부당이득한 취득세 및 등록세 합계 483,812,320원을 반환할 의무가 있다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 피고는, ① 이 사건 오피스텔은 원고가 서울디지털산업단지를 직접 개발·조성하는 과정에서 취득한 부동산이 아니라, 서울디지털산업단지의 관리차원에서 건축한 부동산에 불과하고, ② 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제45조의 7 제1항 제3호에서 규정하고 있는 지원시설은 동 법 제28조의 5 제1항 제3호에서 규정하고 있는 아파트형공장에 대한 지원시설에 한정되는데, 이 사건 오피스텔은 아파트형공장에 대한 지원시설이 아니므로, 여기에 해당하지 아니한다고 주장한다.

나. 판단

(1) 지방세법 제276조 제3항의 적용 대상인지 여부

지방세법 제276조 제3항에서는, " 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자가 산업단지를 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 규정에 의하여 설립된 원고의 경우 위 법 제45조의 7 제1항 제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다"고 규정하고 있고, 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조 제6호에서는, "산업단지개발사업이라함은 산업단지를 조성하기 위하여 시행하는 산업단지의 효율증진을 위한 업무시설 등의 용지조성사업( 다목), 산업단지의 기능제고를 위한 주거시설 등의 용지사업( 라목), 기타 위 사업에 부대되는 사업( 자목)"이라고 규정하고 있으며, 동법 제16조 제1항 제2호에서는, 원고를 "산업단지개발사업의 시행자"로 규정하고 있고, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제45조의 7 제1항 제3호에서는, 원고 공단이 수행하는 사업으로서 "공장ㆍ아파트형공장 및 지원시설ㆍ산업집적기반시설의 설치ㆍ운영 및 분양ㆍ임대 및 매각에 관한 사업"을 규정하고 있는데, 앞에서 본바와 같이 이 사건 오피스텔은 업무시설 388개 호와 상가(제1, 2종 근린생활시설) 12개 호로 이루어져 있고, 한국수출사업국가산업단지(서울디지털단지)관리기본계획(산업자원부고시 제2003-57호)에서 산업단지 용도 중 하나로 지원시설구역을 구분하였으며, 그곳에 건축법시행령 별표상의 업무시설(오피스텔 포함)을 건축할 수 있도록 되어 있는데, 현행 지방세법 제276조 제3항과 같이 원고가 수행하는 특정사업용 부동산에 대하여 취득세 및 등록세를 면제하여 주는 내용의 규정은 구 지방세법(1999. 2. 8 법률 제5827호로 개정된 것) 제276조 제4항에서 "공업배치 및 공장설립에 관한 법률(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률로 개정되기 전의 명칭)의 규정에 의하여 설립된 한국산업단지공단의 경우는 동법 제45조의7 제1항 제3호 및 제5호의 사업용 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 면제한다"고 규정하면서 처음 도입된 후, 구 공업배치 및 공장설립에 관한 법률(1999. 2. 8 법률 제5827호로 개정된 것) 제45조의 7 제1항 제3호에서 원고의 사업으로서 "공장ㆍ아파트형공장ㆍ물류시설 및 지원시설의 설치ㆍ운영과 분양ㆍ매각 및 임대에 관한 사업"이라고 규정하고 있다가, 2006. 3. 3. 법률 제7861호로 개정된 이후 현행 규정과 같이 "공장ㆍ아파트형공장 및 지원시설ㆍ산업집적기반시설"로 규정하고 있는 점 등에 비추어, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제45조의 7 제1항 제3호에서의 ‘지원시설’은 아파트형공장의 지원시설에 한정되는 것이 아니라고 봄이 상당하고, 동법 제45조의 7 제1항 제3호의 ‘공장ㆍ아파트형공장 및 지원시설ㆍ산업집적기반시설의 설치ㆍ운영 및 분양ㆍ임대 및 매각에 관한 사업’은 ‘공장과 아파트형공장’, ‘지원시설과 산업집적기반시설’, ‘설치와 운영’, ‘분양과 임대’가 서로 병렬적으로 나열되어 있다고 보는 것이 합리적이며, 달리 위 ‘지원시설’을 ‘아파트형공장의 지원시설’로 한정하여 해석하여야 할 이유가 없다.

따라서, 이 사건 오피스텔은 산업단지의 효율증진을 위한 업무시설인 동시에 산업단지의 기능제고를 위한 주거시설이고, 또, 근린생활시설부분은 위 사업에 부대되는 사업시설물이라 할 것이며, 이는 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조 제6호 다, 라, 자 목에 해당되는 산업단지개발시설물이고, 전체적으로는 업무시설로서 산업단지개발사업시행자인 원고 공단이 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조 소정의 산업단지를 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 해당되어 지방세법 제276조 제3항에 의하여 취득세와 등록세가 면제된다고 봄이 상당하다.

(2) 이 사건 신고납부행위가 당연무효인지 여부

취득세 및 등록세는 신고납세방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고(과세관청은 납세의무자로부터 신고가 없는 경우에 한하여 비로소 부과처분에 의하여 이를 확정하게 되는 것이다), 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이며 국가나 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 납부된 세액이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적인 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 할 것인데( 대법원 1995. 2. 28. 선고 94다31419 판결 등 참조), 산업입지분야의 규제를 합리적으로 완화하여 기업의 원활한 활동을 지원하기 위한 지방세법 제276조 제3항 및 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제45조의 7의 입법취지, 목적, 의미, 기능, 규정 형태, 원고가 이 사건 오피스텔이 취득세, 등록세 면제 대상인지 여부를 피고 측에 질의하였으나 면제대상이 아니라는 이유로 거부될 것이 확실시되자 이 사건 오피스텔에 대한 신속한 소유권이전등기의 필요성과 자진신고납부 해태에 따른 가산세의 부담을 회피하기 위하여 부득이 자진신고납부를 한 다음 이 사건 소송에 이른 점 등에 비추어 보면, 이 사건 신고납부행위에 조세채무의 확정력을 인정할 여지가 없는 중대하고 명백한 하자가 있다고 봄이 상당하므로, 이는 당연 무효라 할 것이다.

4. 결론

그렇다면, 피고는 법률상 원인 없이 원고가 납부한 등록세 등 합계 483,812,320원의 이득을 얻고, 이로 인하여 원고에게 동액 상당의 손해를 가하고 있다고 할 것이므로, 피고는 원고에게 부당이득한 취득세 등 합계 483,812,320원과 이에 대하여 원고가 구하는 이 사건 소장부본이 피고에게 송달된 다음날임이 기록상 명백한 2007. 12. 11.부터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 20%의 각 비율에 의한 지연손해금을 지급할 의무가 있다할 것인바, 그 이행을 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 주문과 같이 판결한다.