법인세경정거부처분취소

【원고, 항소인】 한국수력원자력 주식회사 (소송대리인 변호사 조성권 외 1인)

【피고, 피항소인】 경주세무서장 (소송대리인 법무법인(유한) 충정 담당변호사 정진욱)

【제1심판결】 대구지방법원 2023. 10. 18. 선고 2022구합20992 판결

【변론종결】2024. 12. 6.

【주 문】

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2019. 12. 27. 원고에게 한 2015 사업연도 귀속 법인세 22,919,721,603원의 경정거부처분 중 15,945,166,907원을 초과하는 부분을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 제1심판결을 취소한다. 피고가 2019. 12. 27. 원고에게 한 2015 사업연도 귀속 법인세 22,919,721,603원의 경정거부처분 중 10,504,540,302원을 초과하는 부분을 취소한다.

【이 유】 1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 4. 2. 전력산업구조개편촉진에관한법률에 따라 한국전력공사로부터 분할·설립되어 2015. 7. 24. 상업운전을 시작한 신월성 2호기 등 총 24기의 원자력발전소와 청평 3호기 등 총 37기의 수력발전소를 운영하고 있는 법인이다.

나. 원고는 2019. 7. 12. 피고에게 신고리 3호기 및 4호기, 신한울 1호기 및 2호기, 신월성 2호기 , 청평수력발전소 3호기 발전설비 건설 등과 관련된 생산성향상시설 및 에너지절약시설 투자금액에 대하여 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제24조 등에 따른 세액공제를 받지 못하였다는 등의 이유로, 2014 사업연도 법인세 18,129,078,615원 및 2015 사업연도 법인세 64,264,055,095원 합계 82,393,133,710원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

다. 피고는 2019. 12. 27. 원고의 경정청구 중 ① 공제대상 자산에 해당하지 않는 격납용기, 공기조화설비, 기타 전기계통, 변수감시계통, 냉난방설비, 공조설비 등 안전 및 폐기물처리 시설 부분, ② 신월성 2호기가 아닌 신월성 1호기의 취득원가에 해당하는 부분, ③ 신월성 2호기의 건설자금이자, 시운전비, 건설소비 등 부분에 해당하는 금액(이하 ③항에 해당하는 비용을 ‘쟁점투자금액’이라 하고, 그에 따라 공제를 주장하는 세액을 ‘쟁점세액’이라 하며 그 구체적인 내역은 아래 표와 같다)의 세액공제를 부인하고 나머지 부분만 받아들여, 원고에게 2014 사업연도 법인세 17,567,432,715원 및 2015 사업연도 법인세 41,344,333,492원 합계 58,911,766,207원을 환급하고, 나머지 2014 사업연도 법인세 561,645,900원(세액공제 미해당시설 투자금액에 대한 세액) 및 2015 사업연도 법인세 22,919,721,603원(세액공제 미해당시설 투자금액에 대한 세액 10,504,540,302원 및 쟁점투자금액에 대한 세액 12,415,181,301원) 합계 23,481,367,503원의 환급을 거부하였다(이하 2015 사업연도 법인세 22,919,721,603원의 경정거부처분 중 쟁점투자금액에 대한 세액 부분 12,415,181,301원의 경정거부처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

〈쟁점투자금액 및 쟁점세액 항목별 금액〉 (단위:원) 구분신월성 1, 2호기 취득부대비용 합계신월성 2호기 기계장치 취득부대비용쟁점투자금액쟁점세액 건설자금이자482,817,462,368252,258,908,203194,121,405,3165,823,642,160 시운전비215,546,647,177116,007,242,63289,271,332,8822,678,139,986 건설소비246,059,965,543101,270,463,85077,930,904,0052,337,927,120 일반기기 설치공사비37,336,218,06337,336,218,06328,731,429,828861,942,895 본부비75,064,799,74128,668,411,11222,061,271,464661,838,144 해외사무소비5,749,448,6762,157,331,0801,660,136,18349,804,085 비품비227,453,42881,734,08462,897,0271,886,911 합계1,062,801,994,996537,780,309,024413,839,376,70512,415,181,301

라. 원고는 2020. 3. 25. 감사원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였으나, 감사원은 2021. 12. 23. 원고의 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

구 조세특례제한법 제24조 제1항은 내국인이 생산성 향상을 위한 시설에 투자하는 경우 그 투자금액의 일부를 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하고 있다. 구 조세특례제한법은 위 투자금액의 범위를 따로 정의하고 있지는 아니하나, 투자의 문언적 의미 등을 고려할 때 구 조세특례제한법 제24조 제1항의 ‘투자금액’은 법인세법의 규정에 따라 취득가액으로 계상되는 금액이라고 보아야 한다. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제41조 제1항은 ‘내국법인이 제작에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 제작원가에 부대비용을 더한 금액’이라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항의 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제24640호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제72조 제2항 제2호는 ‘자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액’을 자산의 취득가액으로 규정하고 있는바, 쟁점투자금액은 자산의 ‘기타 부대비용’에 해당하므로 구 조세특례제한법 제24조 제1항에 따라 세액공제 대상인 투자금액에 해당한다. 따라서 피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 생산성향상시설 투자세액공제 대상인 투자금액의 범위

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

나) 구 조세특례제한법 제24조 제1항은 "내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설(이하 ‘생산성향상시설’이라 한다)에 2017. 12. 31.까지 투자하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다."고 규정하고 있다.

앞서 본 법리와 갑 제3호증, 을 제2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 구 조세특례제한법 제24조 제1항에서 정한 투자세액공제 대상인 투자금액은 생산성향상시설의 취득을 위하여 직접 지출된 비용을 의미하는 것으로 봄이 타당하다.

① 구 조세특례제한법 제24조 제1항에서 정한 투자세액공제는 내국인이 생산성향상시설에 투자하는 경우 투자금액의 일부를 세액공제함으로써 생산성향상시설에 대한 기업의 투자를 촉진하여 기업의 생산성 및 경쟁력을 제고하기 위한 제도인바, 이러한 투자세액공제는 정책적 목적을 위하여 상당한 특혜를 주는 제도이므로, 위와 같은 목적에 부합하는 범위 내에서만 제한적으로 적용되어야 하고 그 목적에 부합하지 않는 범위까지 확장하여 적용되어서는 아니 된다.

② 법인세법은 법인이 경제활동을 통하여 얻은 소득, 즉 수익에 법인이 지출한 비용을 합리적으로 대응시켜 법인에 대한 과세 요건 및 절차를 정한 법률이고, 조세특례제한법은 특정분야에 대한 세제지원을 통해 국가정책목적을 달성하려는 데 목적이 있다. 따라서 명시적으로 어느 한 법률의 특정 용어가 다른 법률의 유사 개념과 같은 의미라고 규정하지 않은 이상, 서로 다른 기준과 목적에 따른 법률의 유사 개념을 동일하게 해석하여야 할 필연성이 있는 것은 아니다.

국세청 또한 위와 같은 전제에서 조세특례제한법상 투자세액공제를 적용함에 있어 투자금액의 범위에 관한 질의에 대하여, "해당 자산 취득가액 외에 동 자산 취득을 위해 ‘직접’ 지출된 기타 부대비용 중 구 법인세법 시행령 제72조 제2항의 규정에 따라 취득가액으로 계상되는 금액을 포함한다."는 내용으로 일관되게 회신하고 있다(원고는 위 회신 중 ‘부대비용’이라는 문구에 초점을 맞추어 구 조세특례제한법에서 정한 투자금액과 구 법인세법에서 정한 취득가액의 범위가 같다는 취지로 주장하나, 위 문구는 우선 ‘직접’ 지출된 것으로 범위를 제한하고, 그중 법인세법상 취득가액으로 계상되는 금액을 가리키는 것으로 해석하는 것이 타당하다).

③ 구 조세특례제한법 제24조 제1항의 법문에 의하더라도 내국인이 생산성 향상을 위하여 ‘생산성향상시설에 투자’하는 경우 그 투자금액의 일정비율에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하고 있는바, 생산성향상시설 취득에 직접적으로 대응하는 비용이 아닌 그 취득 과정에 수반하여 지출된 비용 내지 취득에 간접적으로만 기여하는 비용의 경우에는 이를 생산성향상시설 그 자체에 투자한 금액이라고 보기 어렵다.

④ 구 조세특례제한법 제24조 제3항은 제1항에 따른 세액공제의 방법에 관하여 연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제 규정인 같은 법 제11조 제1항 등을 준용하도록 하고 있는데, 대법원은 조세특례제한법상 연구·인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있으므로, 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 ‘직접적으로 대응하는 비용’만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것이라고 판시하였다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두24310 판결 등 참조).

⑤ 원고는, ㉠ 구 조세특례제한법 제24조 제3항, 제1항, 제11조 제3항, 제4항, 구 조세특례제한법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제10조 제6항, 제4조 제3항이 ‘총투자금액에 법인세법 시행령 제69조 제1항에 따른 작업진행률에 의하여 계산한 금액’과 ‘해당 과세연도까지 실제로 지출한 금액’ 중 큰 금액에서 ‘해당 과세연도 이전에 투자세액공제를 받은 투자금액 등’을 뺀 금액을 과세연도별 투자금액으로 산정하도록 규정함으로써 법인세법에서 정한 방식을 그대로 적용하고 있는 점, ㉡ 구 조세특례제한법 제28조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령 제25조 제9항, 구 조세특례제한법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제726호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행규칙’이라 한다) 제61조 제1항 제10의4호 [별지] 제9호의4 서식은 서비스업을 영위하는 내국인으로서 해당 과세연도에 취득한 설비투자자산의 취득가액의 합계액이 직전 과세연도에 취득한 설비투자자산의 취득가액의 합계액보다 크고, 직전 과세연도에 취득한 설비투자자산의 취득가액의 합계액이 그 전 과세연도에 취득한 설비투자자산의 취득가액의 합계액보다 큰 경우 감가상각비의 손금산입에 대한 특례를 규정하면서, 이를 적용받으려는 자는 내용연수 특례적용 신청서를 제출하도록 규정하고 있는데, 위 내용연수 특례적용 신청서에 ‘취득가액’이 아닌 ‘투자금액’이라는 용어가 사용되고 있는 점에 비추어 보면, 구 조세특례제한법에서 정한 투자금액과 구 법인세법에서 정한 취득가액의 범위가 같다는 취지로 주장한다. 그러나 구 조세특례제한법 제24조 제3항, 제1항, 제11조 제3항, 제4항, 구 조세특례제한법 시행령 제10조 제6항, 제4조 제3항은 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에 각 과세연도별 투자금액의 계산방법을 정하고 있는 것에 불과하고, 구 조세특례제한법 제28조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령 제25조 제9항, 구 조세특례제한법 시행규칙 제61조 제1항 제10의4호 [별지] 제9호의4 서식 또한 설비투자자산에 대한 감가상각비의 손금산입에 관한 특례를 정한 것으로서 투자세액공제에 적용되는 규정이라고 할 수 없으므로, 위 각 규정이 구 조세특례제한법에서 정한 투자금액과 구 법인세법에서 정한 취득가액이 동일한 개념이라는 것을 가리킨다거나 이를 전제로 하는 조항이라고 볼 수는 없다.

⑥ 구 조세특례제한법 제24조 제1항에서 정한 투자세액공제 대상인 투자금액을 원고가 주장하는 바와 같이 구 법인세법 시행령 제41조 제1항, 제2항, 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제2호에서 정한 자산의 취득가액과 동일한 의미로 해석하여 생산성향상시설의 취득을 위해 직접 지출된 비용 외에 이를 취득하기 위해 간접적으로 소요된 경비도 투자세액공제의 대상이 된다고 볼 경우, 생산성향상시설과 관련성이 있음을 내세워 생산성향상시설의 취득에 직접 소요된 비용으로 볼 수 없는 광고선전비나 행사비 또는 본사와 해외사무소의 근무자나 이들을 지원하는 직원들의 인건비도 모두 취득가액으로 계상하여 투자금액의 범위에 포함시키는 등으로 투자세액공제 대상이 무한정 확대될 수 있고, 기업의 경영정책 내지 관리방식에 따라 임의로 투자세액공제의 액수가 증가 또는 감소될 수도 있게 되는바, 이는 생산성향상시설에 대한 기업의 투자를 촉진하여 기업의 생산성 및 경쟁력을 제고하기 위한 투자세액공제 제도의 취지에 부합하지 않는다.

2) 신월성 2호기 중 생산성향상시설의 범위

구 조세특례제한법 제24조 제1항은 제1호에서 ‘공정 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설’을 생산성향상시설의 하나로 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령 제21조 제2항은 "법 제24조 제1항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 시설’이란 공정을 개선하거나 시설의 자동화 및 정보화를 위하여 투자하는 시설로서 기획재정부령으로 정하는 것을 말한다."고 규정하고 있다. 구 조세특례제한법 시행규칙 제12조 제1항은 "영 제21조 제2항에서 ‘기획재정부령이 정하는 것’이란 [별표 2]의 공정개선·자동화 및 정보화시설로서 당해 사업에 직접 사용되는 것을 말한다."고 규정하고 있고, 위 [별표 2] 제1호는 생산자동화설비 및 생산자동화제어설비 항목에서 ‘제조설비를 자동으로 제어하기 위한 공정제어기기 또는 공정제어시스템 및 동 장치의 부분품(나목)’, ‘주공정 또는 기능의 제어가 마이크로프로세서 또는 수치제어장치에 의하여 자동으로 조절되는 기계장치 또는 설비(다목)’, ‘분산제어장치·종합정보표시판·무정전원공급장치·제어밸브·신호전송기 및 부속기기(바목)’를 규정하고 있다.

신월성 2호기는 자동화설비 및 마이크로프로세서 기반의 제어설비를 통하여 원자력 발전을 하도록 설계되어 있으므로, 신월성 2호기 중 발전시설인 원자로설비, 터빈발전기 등의 기계장치(이하 ‘이 사건 자동화 시설’이라 한다)는 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제1호에서 정한 생산성향상시설에 해당한다고 봄이 타당하다(피고도 원고의 2019. 7. 12.자 경정청구에 대하여 이 사건 자동화 시설에 해당하는 투자금액 부분은 투자세액공제 대상으로 판단하여 경정청구를 일부 받아들였다).

3) 쟁점투자금액이 투자세액공제 대상에 해당하는지 여부 및 그 범위

앞서 본 바와 같이 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제1호에서 정한 투자금액은 생산성향상시설의 취득을 위하여 직접 지출된 비용을 의미하므로, 쟁점투자금액이 투자세액공제 대상에 해당하기 위해서는 그것이 생산성향상시설인 이 사건 자동화 시설의 취득을 위하여 직접 지출된 비용에 해당하여야 한다.

쟁점투자금액의 구체적 내용은 아래 표 기재와 같으므로, 쟁점투자금액의 각 항목을 나누어 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제1호에서 정한 투자세액공제 대상에 해당하는지 여부 및 그 범위에 관하여 살펴본다.

항목내용 건설자금이자신월성 2호기 발전설비를 건설하기 위해 사용된 차입금에 대한 이자비용 시운전비원자력 발전소 상업운전을 하기 전 성능테스트 관련 시운전을 하는 근로자들의 급여와 전력생산을 위해 투입된 재료비, 물품 등의 구입비용에서 시운전을 통해서 생산된 전력의 매출액을 공제한 금액 건설소비(건설사업장비용)신월성 원자력 발전소 설립 당시 건설현장사무소에서 근무하며 건설공사 관리 및 감독을 하는 근로자들에게 지급된 인건비 및 건설현장 사무소 유지비 등을 의미하는데, 구체적으로 근로자들에게 지급되는 비용은 급여, 급식보조비, 건강보험료 및 국민연금 등이 있으며, 건설현장 사무소 유지비용으로는 전력 및 수도료, 난방보조비, 소모품비 등이 있음 일반기기 설치공사비신월성 발전소 건설 관련 일반기기 설치와 관련된 비용(기기 설치공사를 위한 크레인 설치비용, 일반자재관리비, 운영허가 및 규제기관 요구사항 이행 등)이 발생하는 공사로 해당 일반기기 설치공사에 투입된 비용 본부비용신월성 발전소 관련 건설 관련 업무를 수행하는 본사 근로자들에 대한 인건비와 근로자들이 사용하는 소모품 비용, 통신비 등 해외사무소비외자구매를 위한 해외사무소 근무자들의 인건비 및 사무실 유지비용 비품비건설사업장에서 사용하는 공기구, 비품 등 구입비

가) 건설자금이자

(1) 갑 제8, 9, 33 내지 37호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실 및 사정들이 인정된다.

(가) 원자력 발전소 건설에는 천문학적 규모의 비용이 투입된다. 원고는 영업이익을 운영비용에 우선적으로 충당한 후 나머지 영업이익을 신규 원자력 발전소 건설자금 중 일부로 사용하고 부족한 건설자금은 차입을 통하여 조달하였다.

(나) 원자력 발전소 건설은 장기간에 걸쳐 여러 시설의 공사를 동시에 진행하는 경우가 많고, 예측하지 못한 변수로 인해 공사가 지연되는 경우도 잦은 관계로 특정 발전소에 투입될 공사비용을 정확하게 예상하는 것이 현실적으로 불가능하다. 따라서 원고는 특정 발전소별로 차입금을 조달하는 특정차입금 방식을 사용하지 않고 회사 전체를 대상으로 하는 일반차입금으로 건설자금을 조달한 후 이를 건설 중인 자산의 비율에 따라 배분하는 방식을 사용하였다.

(2) 원자력 발전소 건설을 위하여 차입을 통한 자금 조달이 불가피하고, 그에 따라 이자 등의 금융비용이 필연적으로 발생하는 점, 국세청 예규인 구 조세특례제한법 기본통칙 5-0…1은 ‘구 조세특례제한법 제24조의 투자금액에는 당해 투자에 따른 건설자금이자를 포함한다.’고 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 건설자금이자 중 이 사건 자동화 시설에 투입된 자금에 대한 부분은 이 사건 자동화 시설의 취득을 위하여 직접 지출된 비용으로서 투자세액공제의 대상이 된다고 보아야 한다(피고는 원고가 이 사건 자동화 시설의 취득을 위하여 영업이익 중 운영비용에 충당하고 남은 자금만을 사용하였을 수도 있다고 주장하나, 원고가 차입을 통해 조달한 자금을 이 사건 자동화 시설의 취득을 위하여 투입할 경우 그에 대한 건설자금이자에 관하여 생산성향상시설 투자세액공제를 받을 수 있는 점에 비추어 원고가 이 사건 자동화 시설의 취득을 위하여 차입을 통해 조달한 자금을 투입하지 않고 영업이익 중 운영비용에 충당하고 남은 자금만을 사용하였을 것으로 보이지는 않는다).

(3) 갑 제8, 11, 14, 17, 19, 43, 48, 49호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 지출한 건설자금이자 중 이 사건 자동화 시설에 투입된 자금에 대한 부분은 185,513,145,348원이라고 봄이 타당하다.

(가) 원고는 매 분기별로 ① 원화·외화 차입금 및 사채의 금융비용을 계산하고, 위 금융비용을 원화·외화 차입금 및 사채의 평균잔액을 합하여 계산한 차입금 평균잔액으로 나누어 자본화이자율을 산출한 후, ② 이를 배분 당시 건설 중인 유·무형 자산의 연평균지출액(원화·외화 차입금 및 사채의 평균잔액을 한도로 함)에 곱하여 전체 건설자금이자를 산정하였으며, ③ 이러한 건설자금이자를 전체 건설 중인 유형자산과 전체 건설 중인 무형자산으로 배분하고, ④ 건설 중인 유형자산에 배분된 건설자금이자를 각각의 원자력 발전소 및 기타 유형자산으로 배분하는 방식으로 신월성 1, 2호기의 공사기간(원고는 2005. 10. 1. 신월성 1, 2호기의 공사를 동시에 착공하여 신월성 1호기는 2012. 7. 31. 준공하였으나, 신월성 2호기는 일본 후쿠시마 원전사고로 인한 추가적인 안전성 검증 등을 위해 공사기간이 추가로 소요되어 2015. 7. 24.에서야 준공하였다) 전체에 대한 건설자금이자로 482,817,462,368원을 산출하였다.

원고는 선행호기인 신월성 1호기의 준공시점에 신월성 1, 2호기 각각의 건설 중인 자산의 직접비(매입가액 또는 제조원가) 실적을 기준으로 위 건설자금이자 482,817,462,368원 중 169,452,358,010원을 신월성 1호기에 먼저 배분하였고, 이후 신월성 2호기 준공시점에 건설자금이자 잔액인 313,365,108,358원을 신월성 2호기에 배분하였으며, 위 신월성 2호기 건설자금이자 313,365,108,358원에 기계장치의 직접비 1,118,106,309,979원이 건물, 구축물, 기계장치의 각 직접비 합계액 1,388,694,242,947원에서 차지하는 비율인 0.805(이하 ‘기계장치 배부율’이라 한다)를 적용하여 기계장치에 대한 건설자금이자를 252,258,908,203원으로 산출하였다.

자산의 직접비가 클수록 더 많은 차입금이 투입되어야 하고, 차입금의 규모가 클수록 더 많은 건설자금이자가 발생할 것으로 보이는 점 등에 비추어 위와 같은 자산별 직접비 기준 배분 방식은 그 기준이나 방법이 현저히 부당하거나 불합리하다고 할 수 없고, 외부회계감사법인의 감사를 통해 적정성이 확인된 원고의 전산시스템(SAP)에 등록 및 관리되고 있는 자료를 바탕으로 한 것이어서 객관성도 인정된다.

(나) 앞서 본 바와 같이 신월성 2호기 기계장치의 직접비는 1,118,106,309,979원이고, 그중 이 사건 자동화 시설의 직접비는 822,263,998,033원[= 기계장치의 직접비 1,118,106,309,979원 － CCTV 등 직접비 73,402,056,486원(갑 제48호증의 1) - 안전설비 등 직접비 222,440,255,460원(갑 제49호증의 1)]이므로, 결국 신월성 2호기의 기계장치에 배분된 건설자금이자 252,258,908,203원 중 이 사건 자동화 시설에 대한 부분은 185,513,145,348원(= 252,258,908,203원 × 822,263,998,033원 / 1,118,106,309,979원, 원 미만 버림, 이하 같다)으로 산정된다.

(다) 한편 원고는 신월성 2호기의 기계장치에 배분된 건설자금이자에서 CCTV 등이 차지하고 있는 전체 간접비(건설자금이자, 시운전비, 건설소비, 일반기기 설치공사비, 본부비, 해외사무소비, 비품비, 이하 통틀어 ‘전체 간접비’라 한다) 중 건설자금이자에 상응하는 부분과 안전설비 등이 차지하고 있는 전체 간접비 중 건설자금이자에 상응하는 부분을 공제하는 방법으로 이 사건 자동화 시설에 대한 건설자금이자를 산정하여야 한다고 주장한다. 그러나 이는 구 조세특례제한법에서 정한 투자금액과 구 법인세법에서 정한 취득가액의 범위가 같다는 원고의 주장을 전제로 한 것이거나 앞서 본 자산별 직접비 기준 배분 방식에 부합하지 않는 것이어서 타당한 산정 방식이라고 볼 수 없다.

나) 시운전비

(1) 갑 제38, 40호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 생산성향상시설에 대한 투자의 목적을 달성하기 위하여는 제작·설치가 완료된 시설이 정상적인 성능을 갖추어 실제로 가동되어야 하고, 이를 위하여는 성능테스트를 위한 시운전이 반드시 필요한 점, ② 원자력안전법 시행령도 제29조 제1항 제4호에서 원자로시설의 핵연료장전 및 시운전시험이 가능할 때 사용 전 검사를 받도록 규정하여 원자로시설의 시운전을 예정하고 있는 점, ③ 국세청 또한 시운전비가 투자세액공제 대상에 포함되는지 여부에 관한 질의에 대하여 ‘생산성향상시설에 투자한 금액에 대한 세액공제를 적용함에 있어 시운전기간 중에 발생한 비용이 있는 경우 해당 시운전 비용에서 시운전기간 중에 발생한 매출액을 차감하여 투자금액을 계산한다.’는 내용으로 회신한 점 등에 비추어 보면, 신월성 2호기의 시운전비 중 이 사건 자동화 시설에 대한 부분은 이 사건 자동화 시설의 취득을 위해 직접 지출된 비용으로서 투자세액공제의 대상이 된다고 보아야 한다[피고도 이 사건 자동화 시설의 작동을 위한 시운전에 지출된 비용은 이 사건 자동화 시설의 취득에 직접 소요된 비용으로 볼 수 있음을 인정하고 있다(피고의 2024. 10. 7.자 준비서면 전자기록 제6쪽)].

(2) 갑 제11, 38 내지 43, 60호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 지출한 시운전비 중 이 사건 자동화 시설에 대한 부분은 46,972,011,206원이라고 봄이 타당하다.

(가) 원고는 신월성 1, 2호기의 시운전비를 각 호기별로 구분하지 않고 공통비용으로 지출하였는바, 자산의 직접비가 클수록 더 많은 부품이 투입되고 공정의 복잡도가 커져서 장기간에 걸쳐 보다 정교한 시운전 과정을 거치게 될 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 사건 자동화 시설에 대한 시운전비도 신월성 1, 2호기 전체의 시운전비에 앞서 본 자산별 직접비 기준 배분 방식을 적용하여 산정하는 것이 합리적이라고 판단된다.

(나) 원고는 신월성 1, 2호기의 시운전 과정에서 발생한 시운전비를 합계 215,546,647,177원으로 산정한 후 선행호기인 신월성 1호기 준공시점에 신월성 1, 2호기 각각의 건설 중인 자산의 직접비 실적을 기준으로 위 시운전비 중 71,438,271,237원을 신월성 1호기에 먼저 배분하였고, 이후 신월성 2호기 준공시점에 시운전비 잔액인 144,108,375,940원을 배분하였는바, 전체 시운전비 중 신월성 2호기 시운전비의 비율은 0.6686(= 144,108,375,940원 / 215,546,647,177원, 소수점 다섯자리에서 반올림)이다.

(다) 피고는 원고가 주장하는 신월성 1, 2호기의 시운전비 중 시운전실 소속 인력에 대한 인건비에서 퇴직연금 불입액을 제외한 41,901,459,556원과 기동전력 구입비 및 유류비(경유) 76,770,667,338원 합계 118,672,126,894원이 신월성 1, 2호기의 시운전에 직접 지출된 비용이라는 점에 대하여 다투지 않으므로, 위 금액은 신월성 1, 2호기의 시운전비로 인정할 수 있다(원고가 주장하는 신월성 1, 2호기의 시운전비 중 시운전 개시 전과 시운전 종료 후에 발생한 항목으로 계상된 금액 또한 시운전 개시 준비 및 사후관리를 위한 비용으로서 시운전비에 포함될 수 있다고 봄이 타당하다).

원고는 위 인정금액 외에 시운전실 소속은 아니지만 시운전에 참여한 기술실 소속 직원 등의 인건비, 시운전에 참여한 직원들의 퇴직연금 불입액, 시운전실 소속 인력에 대한 복리후생비와 시운전실 사무용품 등도 시운전비에 포함되어야 한다고 주장한다. 그러나 ① 위 기술실 소속 직원 등은 시운전 업무를 지원하였을 뿐 이를 직접 담당한 것으로 보이지 않는 점, ② 원고가 지급하였다는 퇴직연금 불입액에는 세액공제 대상인 인건비에 해당된다고 볼 수 없는 확정급여형 퇴직연금 불입액(대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두24310 판결 등 참조)도 포함되어 있는데, 이를 제외한 나머지 퇴직연금 불입액이 얼마인지에 관한 원고의 주장·입증이 없는 점, ③ 시운전실 소속 인력에 대한 복리후생비나 시운전실 사무용품비는 시운전 가동에 직접 지출된 비용이라고 보기 어려운 점, ④ 그 밖의 나머지 항목은 시운전 과정에서 해당 비용이 어떠한 단계에서 지출되었으며 그 지출이 필요한 이유가 무엇인지에 관한 구체적인 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들에다가 원고가 위 비용을 세무상으로 손금에 산입하지 않고 취득가액으로 계상하여 취득세를 납부하였다는 사정을 보태어 보더라도, 위 비용이 신월성 1, 2호기의 시운전비에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(라) 앞서 인정한 신월성 1, 2호기의 시운전비 118,672,126,894원에 위 (나)항에서 본 전체 시운전비 중 신월성 2호기 시운전비의 비율 0.6686을 적용하면 신월성 2호기의 시운전비는 79,344,184,041원(= 118,672,126,894원 × 0.6686)으로 산정되고, 여기에 기계장치 배부율 0.805를 적용하면 신월성 2호기 기계장치의 시운전비는 63,872,068,153원(= 79,344,184,041원 × 0.805)으로 산정된다.

앞서 본 바와 같이 신월성 2호기 기계장치의 직접비는 1,118,106,309,979원이고, 그중 이 사건 자동화 시설의 직접비는 822,263,998,033원이므로, 결국 신월성 2호기 기계장치의 시운전비 63,872,068,153원 중 이 사건 자동화 시설에 대한 부분은 46,972,011,206원(= 63,872,068,153원 × 822,263,998,033원 / 1,118,106,309,979원)으로 산정된다.

다) 그 밖의 쟁점투자금액

① 건설사업소비, 일반기기 설치공사비, 본부비, 해외사무소비, 비품비는 원고가 신월성 1, 2호기 건설 과정에서 전반적으로 지출한 비용으로서 이 사건 자동화 시설의 취득에 간접적으로만 기여하는 비용에 해당하는 것으로 보이는 점, ② 원고가 작성한 신월성 1, 2호기 준공정산공사비 보고(갑 제11호증)에도 건설소비, 본부비, 해외사무소비, 비품비는 이 사건 자동화 시설(기자재)과 별개의 항목인 ‘사업주비-일반관리비’로 분류되어 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들에다가 원고가 위 비용을 세무상으로 손금에 산입하지 않고 취득가액으로 계상하여 취득세를 납부하였다는 사정을 보태어 보더라도, 위 비용이 이 사건 자동화 시설의 취득에 직접 지출된 비용에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

4) 세액공제액의 산정

쟁점투자금액 중 이 사건 자동화 시설에 대한 건설자금이자로 인정되는 185,513,145,348원과 이 사건 자동화 시설에 대한 시운전비로 인정되는 46,972,011,206원 합계 232,485,156,554원(= 185,513,145,348원 + 46,972,011,206원)은 생산성향상시설의 취득을 위하여 직접 지출된 비용으로서 투자세액공제 대상인 투자금액에 해당하고, 구 조세특례제한법 제24조 제1항은 세액공제율을 투자금액의 100분의 3으로 규정하고 있으므로, 위 투자금액에 대한 세액공제액은 6,974,554,696원(= 232,485,156,554원 × 0.03)으로 산정된다.

5) 소결

이 사건 처분 중 위 세액공제액 6,974,554,696원에 해당하는 부분은 위법하므로, 피고가 2019. 12. 27. 원고에게 한 2015 사업연도 귀속 법인세 22,919,721,603원의 경정거부처분 중 15,945,166,907원(= 22,919,721,603원 － 6,974,554,696원)을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

3. 결론

원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 곽병수(재판장) 왕해진 송민화